Das folgende Flussdiagramm (Abbildung 1) zeigt den Ablauf der Arbeitsschritte. Die zwei fett gedruckten Kästen links oben beinhalten die Ausgangsdaten ( Hox Cluster Sequenz und Exoninformation). Die abgerundeten Kästen sind Aktionen, die Eckigen beinhalten Daten. In die zwei anderen fett gedruckten Kästen fliessen die Endresultate ein.