Mit dem Tool dialign werden über die Menge aller Sequenzen (des kopierten Regulierungsbereichs) eines Clusters lokale multiple Alignments durchgeführt. Die Graphische Darstellung der Resultate geschieht mittels dem Tool dialign2grafik.pl, dessen Ausgabe man sich mit xmgrace (.grace) oder einem Postscript Leser anschauen kann.
dialign2-2 -n -cw <.fasta>
dialign2grafik.pl <*.ali>
Der entstandene Graph bildet auf der x-Achse die Basenpaare 0..500 ab. Die y-Achse gibt den Grad der Sequenzähnlichkeiten für die entsprechende x-Position an.