Regulationsbereich ausschneiden

Mit Hilfe der Exoninformation aus den .exon Dateien werden aus den Hoxclustern, die als .fasta Dateien vorliegen, 500 Basen der upstream gelegenen regulatorischen Region heraus kopiert. Dazu benutzen wir das Script cutprom.pl und übergeben als Parameter die Fasta Datei mit dem HoxCluster. Die Ergebnisse befinden sich fastasreghier.

Wir haben im gesamten Verlauf der Durchführung mit 500 Basen gearbeitet. Allerdings ist dies nur ein Ausschnitt vom Sequenzbereich der Einfluss auf die Regulation des nachfolgenden Gens hat. Besser sind 2500 Basen.