Für die TFBS der Hoxgene im Zebrafisch, Kugelfisch und Günen Kugelfisch wurde keine Literaturinformation gefunden. Allerdings sind die DNA Sequenzen in Hox Clustern gut konserviert. Die Bindungsmotivdatenbank TRANSFAC und JASPAR beinhalten bekannte TFBS u.a. für Mensch und Maus. Wir werden versuchen Sequenzen ausfindig zu machen, die ein Analog in diesen Datenbanken haben und Motive lokalisieren, die unbekannt aber überpräsent sind. Wir untersuchen die folgenden Hoxcluster. Je Cluster sind etwa 7 - 10 Hoxgene enthalten.
Vorrangiges Ziel ist es verschiedene Tools zur Motiverkennung zu testen und gegenüber zustellen. Bei der Suche nach Motiven wird nach Sequenzmustern gefahndet, die in einer Gruppe von DNA Sequenzen vorkommen. Ein Motiv kann womöglich einer TFBS aus der TRANSFAC Datenbank zugeordnet werden. Allerdings können die Motive auch keinerlei weitere funktionale Bedeutung haben oder sie stellen Sequenzen da deren Funktion noch nicht bekannt ist. Wir werden in den Datenbanken auch direkt mit den DNA Sequenzen nach Motiven suchen die eine TFBS assozieren. Die Tools tfsearch und pwmatch übernehmen diese Aufgabe. Des weiteren werden wir ein lokales Alignment mit dialign über eine Menge von Sequenzen vornehmen um überrepräsentierte DNA Fragmente ausfindig zu machen. Die Ergebnisse all dieser Methoden lassen wir in einem Vergleich einfliessen.
Die Motivsuche in den Sequenzen ermöglicht die Erstellung von 'Position Weight Matrices' (PWM). Diese geben das relative Gewicht für die 4 Nukleotide auf jeder Position des Motivs an. Mit diesen Matrizen kann in der TFBS Datenbank nach bekannten Motiven gesucht werden, die auch als Matrizen vorliegen. Mit dem Resultat können wir einen Verwandtschaftsbaum erstellen, der die Ähnlichkeit von Hox Promotern bezogen auf das vorkommen von Motiven beschreibt. Es folgt eine Liste von Programmen zur Motivsuche:
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