Über die Motivverteilung in allen Clustern wird ein NJ Baum m.H. von SplitsTree erstellt. Das Programm data2binary.pl erstellt einen fasta konformen Eintrag für jeden Promoter. Alle in den Clustern vorkommenden Motive werden gesammelt und sortiert. Die Sequenz unter dem fasta header ist ein String aus Nullen und Einsen. Jede Position gibt an ob ein Motiv aus der Sammlung aller bekannten Motive in diesem Promoter vorkommt oder nicht. Beispiel:
DrAa_hoxa1a_80301-81442
01100111001010111100000111001
Die Motive wurden in diesem Fall vorher mit AlignAce ermittelt. Ein ähnliches Bindungsmotiv wurde in der TRANSFAC gefunden. Die ersten 4 Motive die global gefunden wurden waren M00010, M00014, M00018 und M00019. In Danio rerio, HoxCluster Aa, Gen 1 sind M00014 und M008 vorgekommen.
Die Erstellung von Bäumen über wenige Promoter bringt i.d.R. Bäume mit sehr geringer Verzweigung, da dann wenig Motive vorkommen.