Die m.H. der PWM Matrizen gefundenen Motive müssen mit den schon bestehenden Datenbestand der Motive abgeglichen werden. Dabei werden die Motivnummern aller Sequenzfragmente, die ein bekanntes Motiv darstellen durch die Nummern aus den Datenbanken ersetzt. Es kommt auch vor, dass für eine PWM mehr als eine Motivnummer in den Datenbanken gefunden wurden. In diesem Falle werden die Motivdatensätze mit zusätzlichen Einträgen erweitert. Bei der späteren graphischen Auswertung wird es u.a. darum gehen Motive die in der DB gefunden wurde und Motive, die nicht gefunden wurden farblich zu unterscheiden.
Das Tool merger.pl nimmt eine Datei im Format .res (MatCompare Rückgabe) entgegen und liest alle dazu passenden .data Dateien aus dem Arbeitsverzeichnis raus. Mit dem Paramter -m kann man bestimmen ob nicht gefundene Motive in den neuen Datensatz übernommen werden. Das Ergebnis sind Dateien mit der Endung .merged.
merger.pl -m <.res>