Die .merged Daten werden mit xmgrace visualisiert. Es werden Graphen erstellt, die auf der x-Achse die Basenpositionen 0..500 abbilden und auf der y-Achse den Score eines Motivs (Scoregraph) oder ein Plot seines Vorkommens (Motivplot). Beide Varianten müssen mit jeweils einem Skript erstellt und anschliessend zusammen gefügt werden. Für den Scoregraph wird das Skript score2xmgrace.pl und für den Motivplot motivplot.pl eingesetzt. Die Skripte haben folgende Parameter:
motivplot.pl [-m] [-p] list-of-files
score2motiv.pl [-m] [-p] list-of-files
score_grace_fusion.pl
Wobei -t angibt ob die Stufen von Align-Ace gelöscht werden sollten. Der Parameter -p gibt an ob der Hox Gen Name oder das Programm, das zum ermitteln der Motive benutzt wurde, in die Legende gezeichnet werden soll. Das Script score_grace_fusion.pl erstellt aus den Daten, die von den anderen Skripten in den Verzeichnissen graphplot und motivplot abgelegt wurden, einen zusammengesetzten Graphen.
Die Graphen werden mit den Ergebnissen von dialign verglichen. Es werden auch Graphen erzeugt, die die Ergebnisse von den verschiedenen Tools darstellen.