Über die GUI vom Tool BEST werden folgende Programme ausgeführt: Consensus, Meme, AlignAce, Bioprospector. Für YMF wird das Webinterface benutzt. Als Eingabe dient eine .fasta mit den Sequenzen eines Clusters. Die maximale Anzahl an Motiven, die gefunden werden sollen beträgt 10. Die Programme ermitteln ähnliche Sequenzfragmente über die Menge der gegebenen Sequenzen und errechnen ein Score. Das sind die verschiedenen Scores der Motive: AlignAce ('Map-Score'), Meme (P-Value), Consensus (P-Value), YMF (Z-Score), Bioprospector ('Motif Score'), Tfsearch ('Z-Score').