Erstellte Materialien und Ergebnisse.

In den folgenden von uns erarbeiteten Materialien stehen die folgenden Abkürzungen für die 6 von uns betrachteten Bakterien.

  1. Genom Dateien

    2. Organismus .gbk Datei .ptt Datei
    sp_ag.gbk.ptt
    sp_mu.gbk.ptt
    sp_pn.gbk.ptt
    sy_au.gbk.ptt
    sy_ha.gbk.ptt
    sy_sa.gbk.ptt

  2. Bekannt Regionen herrausschneiden.

    3. Mit Hilfe des Skriptes cut_coding.pl wurden folgende Dateien erstellt.
    Organismus Nicht-codierende Datei
    sp_agNonCode
    sp_muNonCode
    sp_pnNonCode
    sy_auNonCode
    sy_haNonCode
    sy_saNonCode

  3. Phylogenetischer Baum

    4. Zur Berechnung der multiplen Alignments wird der phylogenetische Baum im Netwick Format benötigt.

    Baum: ((sp_ag sp_mu sp_pn)(sy_au sy_ha sy_sa))

  4. all_bz Skript

    5. Batch Skript

  5. tba

    6. Aus den Alignments im letzten Schritt wurde mit dem Programm 'tba' diese tba.maf erstellt.

Liste der verwendeten Skripte.

cut_coding.pl
Schneidet die schon bekannten Regionen (in den .ptt Dateien) aus den .gbk Dateien herraus.
Gibt Dateien im Fasta Format aus.
maf_to_fa.pl
Analysiert die tba.maf und erstellt getrennte .aln Dateien. Es erstellt weiterhin das bash Skript 'aln2fasta' welches die Dateien durch clustalw weiter bearbeitet. (Enthält keine Positionsangaben)
maf2fa.pl
Analysiert die tba.maf und erstellt getrennte .fasta Dateien welche mit clustalw ausgewertet werden. (Von anderer Projektgruppe übernommen)
Batch Skript aln2fastal
Wendet 'clustalw' auf die .aln Dateien an.
TrimRealignments.pl
Schneidet am Anfang bzw. am Ende stehende Gaps aus den Fasta Dateien herraus.
rnazFormat.pl
Bereitet die Daten so vor das sie mit RNAz bearbeitet werden können.
rnaZ_diff.pl
Skript prüft ob je nach Länge des Alignments ob RNAz direkt oder erst rnazWindow ausgeführt werden muss.

Die von uns zu erbringende Aufgabe wurde mit 2 verschiedenen Methoden umgesetzt.
  • Methode 1: Die erstellten .tba Dateien werde direkt an RNAz übergeben.
  • Methode 2: Die .tba Dateien werden erst realignt, getrimmt und erst dann an RNAz übergeben.

Methode 1

Ergebnisse

Methode 2

Ergebnisse

Ergebnisse von tRNAScan-SE

Ergebnisse

Liste der nicht annotierten Loci im fasta Format