verwendete Links

NCBI Taxonomy Browser
Taxonomie Browser des National Center for Biotechnology Information, bietet den Download des Genoms verschiedenster Organismen an.

verwendete Programm:

Vienna RNA Package
RNAfold Berechnet die sekundärstruktur von RNAs.
Ließt die Sequenz vom stdin.
Gibt auf stdout die mfe (minimum free energy) und freie Energie in Klammernotation aus.
RNAalifold Berechnet sek. Struktur aus alignten RNAs lese von stdin im CLUSTAL Format.

RNAz Erstellt Vorhersagen über strukturelle Konserviertheit sowie über stabile sekundäre thermodynamische RNA Strukturen in multiplen Sequenz Alignments.

mlagan Erstellt Vorhersagen über strukturelle Konserviertheit sowie über stabile sekundäre thermodynamische RNA Strukturen in multiplen Sequenz Alignments.
all_bz Bildet die paarweisen Sequenzalignments.
tba "Threaded Blockset Aligner" Bildet das globale Alignment.
rnazWindow.pl Teil die Sequenzen in kurze Stźcke damit sie mit rnaZ bearbeitet werden kšnnen.
rnazBlast.pl Durchsucht Sequenzdatenbank nach bekannten RNAs.