#!/bin/bash
Blastz sp_ag sp_mu Y=3400 H=2000  | lav2maf /dev/stdin sp_ag sp_mu | maf_project /dev/stdin sp_ag > sp_ag.sp_mu.orig.maf
Blastz sp_ag sp_pn Y=3400 H=2000  | lav2maf /dev/stdin sp_ag sp_pn | maf_project /dev/stdin sp_ag > sp_ag.sp_pn.orig.maf
Blastz sp_ag sy_au Y=3400 H=2000  | lav2maf /dev/stdin sp_ag sy_au | maf_project /dev/stdin sp_ag > sp_ag.sy_au.orig.maf
Blastz sp_ag sy_ha Y=3400 H=2000  | lav2maf /dev/stdin sp_ag sy_ha | maf_project /dev/stdin sp_ag > sp_ag.sy_ha.orig.maf
Blastz sp_ag sy_sa Y=3400 H=2000  | lav2maf /dev/stdin sp_ag sy_sa | maf_project /dev/stdin sp_ag > sp_ag.sy_sa.orig.maf
Blastz sp_mu sp_pn Y=3400 H=2000  | lav2maf /dev/stdin sp_mu sp_pn | maf_project /dev/stdin sp_mu > sp_mu.sp_pn.orig.maf
Blastz sp_mu sy_au Y=3400 H=2000  | lav2maf /dev/stdin sp_mu sy_au | maf_project /dev/stdin sp_mu > sp_mu.sy_au.orig.maf
Blastz sp_mu sy_ha Y=3400 H=2000  | lav2maf /dev/stdin sp_mu sy_ha | maf_project /dev/stdin sp_mu > sp_mu.sy_ha.orig.maf
Blastz sp_mu sy_sa Y=3400 H=2000  | lav2maf /dev/stdin sp_mu sy_sa | maf_project /dev/stdin sp_mu > sp_mu.sy_sa.orig.maf
Blastz sp_pn sy_au Y=3400 H=2000  | lav2maf /dev/stdin sp_pn sy_au | maf_project /dev/stdin sp_pn > sp_pn.sy_au.orig.maf
Blastz sp_pn sy_ha Y=3400 H=2000  | lav2maf /dev/stdin sp_pn sy_ha | maf_project /dev/stdin sp_pn > sp_pn.sy_ha.orig.maf
Blastz sp_pn sy_sa Y=3400 H=2000  | lav2maf /dev/stdin sp_pn sy_sa | maf_project /dev/stdin sp_pn > sp_pn.sy_sa.orig.maf
Blastz sy_au sy_ha Y=3400 H=2000  | lav2maf /dev/stdin sy_au sy_ha | maf_project /dev/stdin sy_au > sy_au.sy_ha.orig.maf
Blastz sy_au sy_sa Y=3400 H=2000  | lav2maf /dev/stdin sy_au sy_sa | maf_project /dev/stdin sy_au > sy_au.sy_sa.orig.maf
Blastz sy_ha sy_sa Y=3400 H=2000  | lav2maf /dev/stdin sy_ha sy_sa | maf_project /dev/stdin sy_ha > sy_ha.sy_sa.orig.maf
single_cov2 sp_ag.sp_mu.orig.maf  > sp_ag.sp_mu.sing.maf
single_cov2 sp_ag.sp_pn.orig.maf  > sp_ag.sp_pn.sing.maf
single_cov2 sp_ag.sy_au.orig.maf  > sp_ag.sy_au.sing.maf
single_cov2 sp_ag.sy_ha.orig.maf  > sp_ag.sy_ha.sing.maf
single_cov2 sp_ag.sy_sa.orig.maf  > sp_ag.sy_sa.sing.maf
single_cov2 sp_mu.sp_pn.orig.maf  > sp_mu.sp_pn.sing.maf
single_cov2 sp_mu.sy_au.orig.maf  > sp_mu.sy_au.sing.maf
single_cov2 sp_mu.sy_ha.orig.maf  > sp_mu.sy_ha.sing.maf
single_cov2 sp_mu.sy_sa.orig.maf  > sp_mu.sy_sa.sing.maf
single_cov2 sp_pn.sy_au.orig.maf  > sp_pn.sy_au.sing.maf
single_cov2 sp_pn.sy_ha.orig.maf  > sp_pn.sy_ha.sing.maf
single_cov2 sp_pn.sy_sa.orig.maf  > sp_pn.sy_sa.sing.maf
single_cov2 sy_au.sy_ha.orig.maf  > sy_au.sy_ha.sing.maf
single_cov2 sy_au.sy_sa.orig.maf  > sy_au.sy_sa.sing.maf
single_cov2 sy_ha.sy_sa.orig.maf  > sy_ha.sy_sa.sing.maf