DANIEL GERIGHAUSEN
Department of Computer Science
University of Leipzig
Waehrend des Praktikums zum Modul ``RNA- und Proteinfaltung'' wurden die bisherigen Vorhersagemodelle fuer die Faltung lange RNA-Sequenzen untersucht und untereinander verglichen. Dazu wurden Sequenzen minimalen Laenge von 200 Basen aus der RFAM-Datenbank genutzt und von den verschiedenen Vorhersagemodellen gefaltet. Danach wurden diese Ergebnisse im Praktikum statistisch ausgewertet. Als Modelle wurden CoFold[1] und RNAFold genutzt. Danach wurde der Nussinov Algorithmus angepasst, sodass dieser mit den MEA Strukturen und einer Penalty Funktion besser lange Sequenzen vorhersagen kann.
Dazu wurden untersucht, welchen Einfluss die Distanz eines Basenpaares
auf die Anzahl der moeglichen Strukturen mit diesem Basenpaar hat.