RFAM Daten

Zu Beginn des Praktikums wurden die Daten aus der RFAM-Datenbank[2] ausgelesen und vom Stockholm Dateiformat in das Fasta Format umgewandelt. Dazu wurden die Consensus-Strukturen die Sequenzen von Pseudoknoten befreit und seperat gespeichert, damit man diese mit den Vorhersagen im spaeteren Verlauf vergleichen konnte. Dabei wurden nur Sequenzen mit einer Mindestlaenge von 200 Basen naeher betrachtet und exportiert. Das Parsen der Stockholm Dateien erfolgte mittels eines Python Skripts. Danach wurden diey Sequenzen im Fasta Format mittels CoFold und RNAFold gefaltet. Insgesamt wurden so 9459 Sequenzen geparst und weiterverarbeitet.