Auswertung der Vorhersagen

Nach der Faltung wurden die Ergebnisse jeweils mit den Strukturen aus der RFAM Datenbank verglichen. Dazu wurde zuerst die Strukturen eingelesen und mittels einem Basenpaarfinder mit den RFAM Struktruren verglichen. Zuerst wurde der F-Score gegen den Matthew Correlation Coefficient (MCC) abgetragen4.

$$Sensitivity = \frac{True Positives}{True Positives + False Negatives}$$ (3)

$$PPV = \frac{True Positives}{True Positives + False Positives}$$ (4)

$$F-Score = 2* \frac{Sensitivity * PPV}{Sensivity+PPV}$$ (5)

$$MCC = \frac{TP * TN - FP *FN}{\sqrt{(TP+FP)(TP+FN)(TN+FP)(TN+FN)}}$$ (6)

Dabei stellte sich heraus, dass der F-Score sich sehr aehnlich zum MCC Score verhaelt, so dass danach nur noch mit F-Score weitere Analysen gemacht wurden.

Nach dieser ersten Analyse wurden die einzelnen Vorhersagen genauer auf spezifischen Basenpaarlaengen untersucht. Bei diese Analysen wurde die Korrektheit der Vorhersage fuer bestimmte Basenpaarlaengen naeher beleuchtet, wobei es dadurch moeglich war, die Skalierungsfunktion von CoFold naeher zu untersuchen. Dabei wurden die bestimmte Intervalle ausgewaehlt:

1. $<6$
2. $<10$
3. $<50$
4. $<100$
5. $<200$
6. $>200$

Figure 1: Basenpaarlaenge $<6$

Figure 2: Basenpaarlaenge $<10$

Figure 3: Basenpaarlaenge $<20$

Figure 4: Basenpaarlaenge $<50$

Figure 5: Basenpaarlaenge $<100$

Figure 6: Basenpaarlaenge $<200$

Figure 7: Basenpaarlaenge $>200$