CoFold

Zuerst wurden die geparten Daten mittels CoFold gefaltet. CoFold nutzt eine Penalty Skalierung, um lange Basenpaare zu bestrafen. Damit soll ein Effekt erziehlt werden, dass die Vorhersage fuer lange Sequenzen korrekter ist. Realisiert wird dies ueber zwei Parameter $\tau$ und $\alpha$ , welche die Skalierung bestimmen.

$$y(d):= \alpha * (e^{\frac{-d}{\tau}}-1)+1$$ (1)

Diese Skalierungsfunktion wird dann in 2 eingesetzt.

$$C_{i,j} = min\begin{cases}y(d_{i,j}*hairpin_{i,j}\\ min_{i<p<q<j}... ...j),(p,q)}} \\ min_{k,l\in 1,2}{FML_{i+k,j-l}+y(d_{i,j}*dangle} \par \end{cases}$$ (2)

Die Werte fuer $\alpha$ und $\tau$ wurden mittels Brute Force bestimmt, wobei $\alpha$ auf 0.5 und $\tau$ auf 640 festgelegt wurden.