Sequenzanalyse und Genomik (Modul 10-202-2207)

Vorlesung: Raum 109, Härtelstr. 16-18; Mo 10:15-12:45 Uhr
Übung: Raum 006, Härtelstr. 16-18; Mo 17:15-19:00 Uhr
Praktikum: Raum 109, Härtelstr. 16-18
Gruppe 1: 06.01.2019 - 17.01.2020 (Mo-Fr)
Gruppe 2: 20.01.2019 - 31.01.2020 (Mo-Fr)
Zeit: ganztägig, Kernzeit: 10-16 Uhr
Praktikumsanmeldung: Anmeldung
Prüfung:Prüfungsanmeldung

News

  • Am Montag den 2. Dezember (dies academicus) findet weder Vorlesung noch Übung statt.

Übersicht der Vorlesungen

VLDatumRaumUhrzeitThema
VL 114.10.19 R 109 10:15 Dr. Bernhart(Alignment I: NW,SW) Handout
ÜB 114.10.19 R 006 17:15 Dr. Bernhart(Linux, python) Uebungen1.pdf
VL 221.10.19 R 109 10:15 Dr. Weinberg (Phylogenie) Handout
ÜB 221.10.19 R 006 17:15 Dr. Weinberg (Phylogenie)
VL 328.10.19 R 109 10:15 Dr. Bernhart (Alignment II: SW, Gotoh) Handout
ÜB 328.10.19 R 006 17:15 Dr. Bernhart (NW, Gotoh in python)
VL 404.11.19 R 109 10:15 Dr. Weinberg (Phylogenie) Handout
ÜB 404.11.19 R 006 17:15 Dr. Weinberg (Phylogenie)
VL 511.11.19 R 109 10:15 Dr. Weinberg (Hidden Markov Models) Handout , Zusatzblatt über Poker & Backtracking
ÜB 511.11.19 R 109 17:15 Dr. Weinberg (Hidden Markov Models)
VL 618.11.19 R 109 10:15 Dr. Weinberg (Phylogenie / Hidden Markov Models) Handout (Hier Beweis, dass die Stelle der Wurzel mit der Maximum-Likelihood-Methode nicht festgelegt werden kann: Felsenstein, 1981. Siehe Abschnitt "The Pulley Principle".)
ÜB 618.11.19 R 006 17:15 Dr. Weinberg (Projektchen über Riboswitches und Phylogenie)
VL 725.11.19 R 109 10:15 Dr. Weinberg (Hidden Markov Models) Diagramm von Paar-HMM nach (Bundschuh, 2004) (aktualisiert am 21.11.)
ÜB 725.11.19 R 109 17:15 Dr. Weinberg (Hidden Markov Models)
VL 89.12.19 R 109 10:15 Dr. Bernhart (Alignment III: MSA) Handout
ÜB 89.12.19 R 006 17:15 Dr. Bernhart
VL 916.12.19 R 109 10:15 Dr. Bernhart (Alignment IV: BLAST etc) Handout
ÜB 916.12.19 R 006 17:15 Dr. Bernhart

Postdoc Research Presentations

  • 22.01.2020 (Mittwoch) um 17 Uhr, ca. 1-1,5 Stunden
  • 29.01.2020 (Mittwoch) um 17 Uhr, ca. 1-1,5 Stunden

Praktikum

Das Praktikum findet wie folgt statt:

Raum:109, Härtelstr. 16-18
Zeit:ganztägig, Kernzeit: 10-16Uhr
Datum:Gruppe1: 06.01.2020 - 17.01.2020,
Gruppe2: 20.01.2020 - 31.01.2020

Papers to read BEFORE the Praktikum

PDF of the Aufgabenzettel please read all of the following 3 papers before the Praktikum begins:
  • Conesa, et al. (2016) A survey of best practices for RNA-seq data link to paper
  • No detailed reading necessary: Soucy, et al. (2003) Two reactions of Haloferax volcanii RNA splicing enzymes: Joining of exons and circularization of introns link to paper
  • A recent (2019) review on RNA sequencing link to PDF

Format of presentations

Individual presentation on analysis and results

  • Will take place on last day of Praktikum. (Group 1: 17.01.2020. Group 2: 31.01.2020.)
  • Slides are due by 10am on the presentation day.
  • Presentations will start at 11am. (Thus, the slides are due 1 hour before the presentations begin.)
  • Talks are maximum 10 minutes, plus 2 additional minutes for questions.
  • Talks must be in English

Seminar/Übung

Linux onna stick iso

Youtube-tutorials fuer den Linux terminal (Sinnvoll fuer Anfaenger und Insomniageplagte)

Einleitung in Linux/UNIX als Dokument:

Sinnvoll sind auch sogenannte "Cheat sheets"

Python

Python cheat sheet: Python For Beginners Python Documentation Biopython
  • Biopython Tutorial and Cookbook . Entwicklungsumgebungen Biopython

    Im internet nach alternativen suchen

    Literatur

    ClustalW
    Muscle
    T-Coffee
    Boeckenhauer und Bongartz: Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik; Teubner, Wiesbaden; ISBN 3-519-00398-8
    Durbin, Eddy, Krogh and Mitchison: Biological Sequence Analysis; Cambridge University Press; ISBN 0-521-62971-3
    Wuenschiers: Wiley Schnellkurs Bioinformatik fuer Anwender; Wiley-VCH; ISBN: 978-3-527-53040-3