Fortgeschrittene Methoden in der Bioinformatik - Hauptvorlesung
Modul-Nr.: 10-202-2206
| Haupt-Vorlesung: | Freitags 15:15-17:15 Uhr , R 109, Härtelstr. 16-18 |
| Beginn: | 18.10.2013 |
| Spezial-Vorlesung: (Maschinelles Lernen in der Bioinformatik) |
Freitags 13:15-15:00 Uhr , R 109, Härtelstr. 16-18 |
| Beginn: | 18.10.2013 |
| Ende: | 06.12.2013 |
| Praktikum: | täglich, 8h Präsenzzeit, Kernzeit 10-15Uhr, R 109, Härtelstr. 16-18 |
| Beginn: | 13.01.2014 |
| Ende: | 24.01.2014 |
| Seminar: | vorgesehen ist zunächst folgender Termin: 27.01.14-31.01.2014 |
| Modulprüfung: |
Die Prüfung findet in 3er Gruppen statt, welche sich bitte
selbständig finden und einen Termin mit Frau Pregel
ausmachen. Prüfungsvorleistungen umfassen: Teilnahme an Haupt- und Spezialvorlesung, Seminarvortrag und Teilnahme am Praktikum. |
Haupt-Vorlesung: 2 SWS = 30h Präsenzzeit + 56h Selbststudium
Spezial-Vorlesung: 1 SWS = 15h Präsenzzeit + 28h Selbststudium
Folien
22.11.2013 Constraints und Proteinstrukturvorhersage [pdf]Vertiefende Literatur
- ILP-Ansätze für RNA- und Proteinstrukturalignment.
- Bauer, Klau, and Reinert. Accurate multiple sequence-structure alignment of RNA sequences using combinatorial optimization. BMC Bioinformatics, 2007.
RNA Alignment; Lösung per Lagrangian Relaxation. - Caprara et al. 1001 Optimal PDB Structure Alignments: Integer Programming Methods for Finding the Maximum Contact Map Overlap. JCB, 2001
Protein Protein-Strukturalignment per Branch-and-Cut and Lagrangian Relaxation. - Lenhof, Reinert, and Vingron. A polyhedral approach to RNA sequence structure alignment. JCB, 1998.
RNA-Alignment per Branch-and-Cut.
- Bauer, Klau, and Reinert. Accurate multiple sequence-structure alignment of RNA sequences using combinatorial optimization. BMC Bioinformatics, 2007.