Bioinformatisches Praktikum der Module 10-202-2206 und 10-202-2207
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Praktikumsvorbesprechung am 19.12.12 von 10-12 Uhr im Raum 109Organisation
Small nucleolar RNAs (snoRNAs) sind kleine nicht-kodierende RNA Gene mit der Aufgabe ribosomale (rRNAs) und small nuclear (snRNAs) RNAs zu modifizieren, bzw. deren Modifikation einzuleiten. Box C/D snoRNA Moleküle sind notwendig um die Positionen in der target Sequenz aufzuspüren, welche methyliert werden müssen, während box H/ACA snoRNAs die Uridine lokalisieren, welche durch Pseudouridylation modfiziert werden sollen. Small cajal body RNAs (scaRNAs) sind snoRNAs die entweder box C/D, box H/ACA oder aber Charakteristika beider Typen aufweisen und somit auch entweder Methylierungen, Pseudourydilierungen oder beide Funktionen ausüben. Diese speziellen snoRNAs sind in den Cajal Bodies im Nukleous zu finden.
Anhand eines Basis-Datensatzes von experimentell verifizierten snoRNAs in Invertebraten sollen deren Homologe gefunden werden. Ziel des Praktikums ist eine möglichst vollständige Annotation des snoRNA Komplements in Invertebraten.
Das Praktikum der Module 10-202-2207 (Sequenzanalyse und Genomik, Gruppe I) und 10-202-2206 (Fortgeschrittene Methoden der Bioinformatik, Gruppe II) findet überlappend statt:
| Gruppe I, A: | 07.01.2012 - 18.01.2012 |
| Gruppe II,B: | 14.01.2012 - 25.01.2012 |
| Gruppe I, C: | 21.01.2012 - 01.02.2012 |
WO: Härterlstr. 16-18, Raum 309
Der 1. Praktikumstag jeder Gruppe beginnt um 10Uhr