Unbedingt vor dem Praktikum zu lesende Publikationen
Im folgenden finden Sie fuer das Praktikum relevante Publikationen.
Die unter den Punkten Small nucleolar RNAs (snoRNAs) sowie Methoden aufgefuehrten Veroeffentlichungen sollten Sie bitte vor Praktikumsbeginn lesen.
Fuer die unter Datenbasis aufgefuehrten Publikationen reicht es, wenn Sie sich einen groben Ueberblick verschaffen. Sie sollten anschliessend in der Lage sein die relevanten Daten aus den Veroeffentlichungen zu extrahieren.
Small nucleolar RNAs (snoRNAs)
Einen guten allgemeinen Ueberblick ueber snoRNAs finden Sie hier:
- Small nucleolar RNAs: versatile trans-acting molecules of ancient evolutionary origin. Terns MP, Terns RM. [Gene Expr. 2002] pdf
Methoden
Fuer die Methoden, die wir verwenden werden sind die folgenden Paper obligatorisch.
Die Praktikumsgruppe Sequenzanalyse und Genomik
Sie beschaeftigt sich mit der Homologiesuche von snoRNAs, sowie Alignments der ribosomalen RNAs, welche von den snoRNAs modifiziert werden.
Lesen Sie also bitte:
- SnoStrip: A snoRNA annotation pipeline Bartschat S, Kehr S, Tafer H, Stadler PF, Hertel J. [Preprint, 2012] pdf
- Accurate and efficient reconstruction of deep phylogenies from structured RNAs Stocsits RR, Letsch H, Hertel J, Misof B , Stadler PF. [Nucleic Acids Res., 2009] pdf
Die Praktikumsgruppe Fortgeschrittene Methoden der Bioinformatik
Sie beschaeftigt sich mit Kovarianzmodellen sowie der Target Vorhersage fuer snoRNAs.
Lesen Sie also bitte:
- Infernal 1.0: inference of RNA alignments. Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR. [Bioinformatics. 2009 ] pdf
- RNAsnoop: efficient target prediction for box H/ACA snoRNAs Tafer H, Kehr S, Hertel J, Hofacker IL, Stadler PF. [Bioinformatics., 2010] pdf
- PLEXY: efficient target prediction for box C/D snoRNAs Kehr S, Bartschat S, Stadler PF, Tafer H. [Bioinformatics., 2011] pdf