Relevante Publikationen
Im folgenden finden Sie fuer das Praktikum relevante Publikationen.
Die unter den Punkten Small nucleolar RNAs (snoRNAs) sowie Methoden aufgefuehrten Veroeffentlichungen sollten Sie bitte vor Praktikumsbeginn lesen.
Fuer die unter Datenbasis aufgefuehrten Publikationen reicht es, wenn Sie sich einen groben Ueberblick verschaffen. Sie sollten anschliessend in der Lage sein die relevanten Daten aus den Veroeffentlichungen zu extrahieren.
Small nucleolar RNAs (snoRNAs)
Einen guten allgemeinen Ueberblick ueber snoRNAs finden Sie hier:
- Small nucleolar RNAs: versatile trans-acting molecules of ancient evolutionary origin. Terns MP, Terns RM. [Gene Expr. 2002] pdf
Methoden
Fuer die Methoden, die wir verwenden werden sind die folgenden Paper obligatorisch.
Die Praktikumsgruppe Sequenzanalyse und Genomik
Sie beschaeftigt sich mit der Homologiesuche von snoRNAs, sowie Alignments der ribosomalen RNAs, welche von den snoRNAs modifiziert werden.
Lesen Sie also bitte:
- SnoStrip: A snoRNA annotation pipeline Bartschat S, Kehr S, Tafer H, Stadler PF, Hertel J. [Preprint, 2012] pdf
- Accurate and efficient reconstruction of deep phylogenies from structured RNAs Stocsits RR, Letsch H, Hertel J, Misof B , Stadler PF. [Nucleic Acids Res., 2009] pdf
Die Praktikumsgruppe Fortgeschrittene Methoden der Bioinformatik
Sie beschaeftigt sich mit Kovarianzmodellen sowie der Target Vorhersage fuer snoRNAs.
Lesen Sie also bitte:
- Infernal 1.0: inference of RNA alignments. Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR. [Bioinformatics. 2009 ] pdf
- RNAsnoop: efficient target prediction for box H/ACA snoRNAs Tafer H, Kehr S, Hertel J, Hofacker IL, Stadler PF. [Bioinformatics., 2010] pdf
- PLEXY: efficient target prediction for box C/D snoRNAs Kehr S, Bartschat S, Stadler PF, Tafer H. [Bioinformatics., 2011] pdf
Datenbasis
Aus den folgenden Veroeffentlichungen werden wir die snoRNA Sequenzen als Ausgangsbasis fuer die Homologiesuche in anderen Arten verwenden. Sie brauchen die paper also nicht detailliert lesen, sondern verwendet hauptsaechlich die darin bereitgestellten Sequenzen. Verschaffen Sie sich bitte einen Ueberblick.
Caenorhabditis
- Computational prediction of Caenorhabditis box H/ACA snoRNAs using genomic properties of their host genes. Wang PP, Ruvinsky I. [RNA,2010] pdf und Supplement
beinhaltet eine Supplemental Table S1, die alle bereits bekannten C.elegans snoRNA Sequenzen zusammenfasst. Sie stellt gleichzeitig ein mapping der in den verschieden Publikationen verwendeten Namen dar
Die Paper aus denen die Daten in der Tabelle zusammengestellt wurden, sind:
- A combined computational and experimental analysis of two families of snoRNA genes from Caenorhabditis elegans, revealing the expression and evolution pattern of snoRNAs in nematodes. Huang ZP, Chen CJ, Zhou H, Li BB, Qu LH. [Genomics., 2007] pdf and Supplement
- Evolution of small nucleolar RNAs in nematodes. Zemann A, op de Bekke A, Kiefmann M, Brosius J, Schmitz J. [Nucleic Acids Res., 2006] pdf and Supplement Sequences and Supplement Targets
- Organization of the Caenorhabditis elegans small non-coding transcriptome: genomic features, biogenesis, and expression. Deng W, Zhu X, Skogerbø G, Zhao Y, Fu Z, Wang Y, He H, Cai L, Sun H, Liu C, Li B, Bai B, Wang J, Jia D, Sun S, He H, Cui Y, Wang Y, Bu D, Chen R. [Genome Res., 2006] pdf and Supplement
- Isolation of eight novel Caenorhabditis elegans small RNAs. Wachi M, Ogawa T, Yokoyama K, Hokii Y, Shimoyama M, Muto A, Ushida C. [Gene,2004] pdf
- Location of 2(')-O-methyl nucleotides in 26S rRNA and methylation guide snoRNAs in Caenorhabditis elegans. Higa S, Maeda N, Kenmochi N, Tanaka T. [Biochem Biophys Res Commun., 2002] pdf
Eine aktuelle weiterfuehrende Publikation
- Family Size and Turnover Rates among Several Classes of Small Non-Protein-Coding RNA Genes in Caenorhabditis Nematodes. Paul Po-Shen Wang and Ilya Ruvinsky. [Genome Biol.Evol, 2012] pdf und Supplement
enthaelt bereits Informationen ueber snoRNA Konservierung innerhalb der Caenorhabditis sowie Homologien zwischen C.elegans und D.melanogaster
Bitte schauen Sie sich auch die www.wormbase.org an.
Die Datenbank enthaelt umfangreiche Genannotationen in Nematoden und stellt ausserdem nuetzliche tools fuer die Sequenzanalyse bereit.
Die dazugehoerige Publikation ist:
- WormBase 2012: more genomes, more data, new website. Yook K, Harris TW, Bieri T, Cabunoc A, Chan J, Chen WJ, Davis P, de la Cruz N, Duong A, Fang R, Ganesan U, Grove C, Howe K, Kadam S, Kishore R, Lee R, Li Y, Muller HM, Nakamura C, Nash B, Ozersky P, Paulini M, Raciti D, Rangarajan A, Schindelman G, Shi X, Schwarz EM, Ann Tuli M, Van Auken K, Wang D, Wang X, Williams G, Hodgkin J, Berriman M, Durbin R, Kersey P, Spieth J, Stein L, Sternberg PW. [Nucleic Acids Res., 2012] pdf
Drosophilae
Fuer Fliegen, insbesondere D.melanogaster finden Sie snoRNA Sequenzen in den folgenden Publikationen
- RNomics in Drosophila melanogaster: identification of 66 candidates for novel non-messenger RNAs. Yuan G, Klämbt C, Bachellerie JP, Brosius J, Hüttenhofer A. [Nucleic Acids Res., 2003] pdf
- Different expression strategy: multiple intronic gene clusters of box H/ACA snoRNA in Drosophila melanogaster. Huang ZP, Zhou H, Liang D, Qu LH. [J Mol Biol., 2004] pdf
- A computational search for box C/D snoRNA genes in the Drosophila melanogaster genome. Accardo MC, Giordano E, Riccardo S, Digilio FA, Iazzetti G, Calogero RA, Furia M. [Bioinformatics. 2004] pdf
- Genome-wide analyses of two families of snoRNA genes from Drosophila melanogaster, demonstrating the extensive utilization of introns for coding of snoRNAs. Huang ZP, Zhou H, He HL, Chen CL, Liang D, Qu LH. [RNA, 2005] pdf
- Identification of novel non-coding RNAs using profiles of short sequence reads from next generation sequencing data. Jung CH, Hansen MA, Makunin IV, Korbie DJ, Mattick JS. [BMC Genomics. 2010] pdf
Auch fuer Drosophilas gibt es eine umfassende Datenbank, die flybase.org . Sie sollte unter anderem alle in den Publikationen erwaehnten snoRNA Gene enthalten und stellt ebenfalls nuetzliche Analyse tools zur Verfuegung.
- FlyBase 101--the basics of navigating FlyBase. McQuilton P, St Pierre SE, Thurmond J; FlyBase Consortium. [Nucleic Acids Res. 2012] pdf
SnoRNA Datensaetze in anderen Prostostomiern
Desweiteren gibt es snoRNA Sequenzen aus den Protostomiern Schistosoma mansoni , Schistosoma japonicum und Bombix mori.
- Homology-based annotation of non-coding RNAs in the genomes of Schistosoma mansoni and Schistosoma japonicum. Copeland CS, Marz M, Rose D, Hertel J, Brindley PJ, Santana CB, Kehr S, Attolini CS, Stadler PF. [BMC Genomics. 2009] pdf
- Experimental RNomics and genomic comparative analysis reveal a large group of species-specific small non-message RNAs in the silkworm Bombyx mori. Li D, Wang Y, Zhang K, Jiao Z, Zhu X, Skogerboe G, Guo X, Chinnusamy V, Bi L, Huang Y, Dong S, Chen R, Kan Y. [Nucleic Acids Res. 2011] pdf and Supplement
Moeglicherweise finden sind auch in anderen Datenbanken noch snoRNA Sequenzen fuer weiter Protostimer. Hier sollten z.B. die NCBI oder die RFAM in Betracht gezogen werden.
Die RFAM ist ausserdem fuer die Kovarianzmodelle von Intresse.
Zusaetzlich wird die arb-silva zum Auffinden von ribosomalen RNAs nuetzlich sein.