Die KH-Domäne wurde erstmals in K-Proteinen entdeckt (daher K homolog). Wie sich jedoch zeigte ist die KH-Domäne ein sehr allgemeines und weitverbreitetes Motiv [10]. Ein gemeinsames Merkmal der KH-enthaltenden Proteine ist eine physische oder funktionelle Assoziation mit RNA-Molekülen - wie sich zeigte durch die KH-Domäne induziert.
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Die KH-Domäne läßt sich in den drei großen Reichen Archaea, Bakterien (Liste der nicht gefundenen) und Eukaryoten finden (Tabelle 11). Damit scheint sie die evolutiv älteste hier betrachtete Domäne zu sein. Während sie in den Archaea und Bakterien nur ein paar mal pro Organismen zu finden ist besitzen Eukaryoten viele Proteine mit dieser Domäne. Innerhalb der Eukaryoten gibt es quantitative Unterschiede, gut sichtbar zwischen Protostomia, Deuterostomia und Teleostei. Bei den Protostomia ist im Gegensatz zu den Deuterostomia die Anzahl KH-enthaltender Proteine recht homogen. Durch in 1.2 beschriebene Probleme sind auch hier wieder ungewöhnlich viele Proteine in z.B. C. elegans, D. melanogaster, H. sapiens und anderen festzustellen. In den Bakterien gibt es im Gegensatz zu den Archaea und Eukaryota keine Proteine mit mehr als einer KH-Domäne (Tabelle 12).