Die PUF-Domäne, auch PUM oder PUM-HD genannt, besteht aus mehreren (meist acht) Pumilio-repeats welche wiederum aus zwei Helices bestehen [11]. Funktionell handelt es sich um eine RNA bindende Domäne [12].
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Homologe Sequenzen der PUF-Domäne sind in allen Eukaryoten zu finden (Tabelle 10) und in der Bakterie Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster. Auch die Anzahl PUF-enthaltender Proteine in einem Organismus ist erstaunlich homogen. Ausnahmen sind die Protostomia mit weniger PUF-Domänen und die Streptophyta mit deutlich mehr PUF-Domänen (17.6) als der eukaryotische Durchschnitt. Das die Teleosten durchschnittlich nur genauso viele PUF-Proteine wie die Deuterostomia besitzen ist für die hier betrachteten Domänen besonders. Allen gemeinsam ist das alle Proteine die PUF-Domäne maximal einmal besitzen.