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Unterabschnitte

mir-221 Cluster

Übersicht über das Cluster

Das mir-221 Cluster besteht nur aus der Familie mir-221, wobei diese sich in die bereits in der miRBase annotierten Unterfamilien mir-221 und mir-222 aufspaltet. Bei einer der Genomduplikationen hat sich dabei die ursprüngliche miRNA auf das gleiche Chromosom dupliziert, wodurch nun das Cluster aus den zwei nebeneinanderliegenden Unterfamilien besteht. Das Cluster konnte erst in den Vertebraten ab Callorhinchus mili gefunden werden und ist dann in fast allen Vertebraten vorhanden. Die nicht entdeckte mir-221 in Callorhinchus mili könnte auf einen evolutionären Verlust während der separaten Entwicklung der Knorpelfische hinweisen. Dies müsste jedoch noch mit zusätzlichen genomischen Daten dieser Klasse verglichen werden, um diese Vermutung zu untermauern. Die nicht gefundene mir-222 in Pan troglodytes lässt sich höchstwahrscheinlich durch das unvollständige Genom erklären.
Die Datei mit Sequenzen sowie genomischen Positionen sowie der evolutionäre Baum der Familie sind hier verfügbar:
Fasta von mir-221 | Baum von mir-221

Evolutionäre Geschichte

Abbildung: Übersicht über die vermutliche evolutionäre Entwicklung des mir-221 Clusters
Download als eps
\includegraphics[scale=0.6]{mir-221.history.eps}

Während der Genomduplikationen kam es zu einer Tandemduplikation der ursprünglichen miRNA Familie, welches das Cluster aud den Unterfamilien mir-221 und mir-222 bildete. Die Teleost Fische haben durch ihre zusätzliche Genomduplikation eine Kopie dieses Clusters, wobei in Oryzias latipes das Type-I Cluster und in Tetraodon nigroviridis das Type-II Cluster verschwunden ist. Da beide Cluster nach der Duplikation noch die selbe Funktion in der Zelle erfüllen, ist dieser Verlust eines der Cluster nicht weiter ungewöhnlich. Ab Xenopus tropicalis konnten beide Clusterkopien außer in Pan troglodytes in allen untersuchten Genomen vollständig lokalisiert werden. Als Target der MicroRNA 221 und 222 wurde das Gen Kit und die dadurch herunterregulierte Translation des Rezeptors Kit in der Tarbase annotiert. Diese Translationshemmung hat laut dem Paper von Felli et al. eine Inhibition der Erythropoese und des normalen Wachstums von Erythroleukämiezellen zur Folge [1], wobei das zweitere das Potential einer Krebstherapie mit Hilfe von miR-221 und miR-222 bieten könnte.


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Praktikum 2008-09-03