mir-193 Cluster

Übersicht über das Cluster

Das mir-193 Cluster besteht aus den zwei Familien mir-193 und mir-365, welche scheinbar nicht miteinander verwandt sind. Das Cluster wurde nur in den Vertebraten in zwei Clusterkopien ab Callorhinchus mili gefunden, wobei dabei die Familie mir-193 nur einmal gefunden wurde. Bei den Teleost Fischen hat Danio rerio drei Kopien, wohingegen die anderen Knochenfische nur ein Cluster noch besitzen. Sowohl in Xenopus tropicalis als auch Anolis carolinensis ist nur noch jeweils eine Kopie vorhanden. Bei Mammalia konnten bei einzelnen Familien bestimmte miRNAs nicht lokalisiert werden und bei Rattus norvegicus ist der komplette Typ a Cluster verschwunden.
Die Datei mit Sequenzen mit genomischen Positionen sowie die evolutionären Bäume der einzelnen Familien sind hier verfügbar:

Fasta von mir-193 | Baum von mir-193

Fasta von mir-365 | Baum von mir-365

Evolutionäre Geschichte

Abbildung: Übersicht über die vermutliche evolutionäre Entwicklung des mir-193 Clusters
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Als Resultat der ersten zwei Clusterduplikationen konnten die zwei Clusterkopien Typ a und Typ b in den meisten Vertebraten wieder gefunden werden. Dabei sind teilweise Cluster partiell oder komplett verloren gegangen. Hauptsächlich bei partiellen Verlusten in Mammalia ist es wahrscheinlicher, dass diese Verluste auf unvollständige Genome zurückzuführen sind. In den Knochenfischen erfolgte eine weitere Clusterduplikation. Das Clusters Typ a wurde dabei auf das gleiche Chromosom wie das Cluster Typ b kopiert jedoch etwa 8 Mb upstream kopiert. Allerdings ist das ursprüngliche Cluster Typ a und b nur noch im Danio rerio vorhanden und die Kopie des Clusters Typ b ist in allen Teleost Fischen verloren gegangen. Zu den nicht gefundenen Clusterkopien in Anolis carolinensis sowie in Xenopus tropicalis lässt sich nicht mit Bestimmtheit sagen, ob es sich dabei um verlorene Cluster oder noch nicht gefundene Cluster handelt. Jedoch ist durch die großen Zeiträume evolutionärer Entwicklung durchaus denkbar, dass die vorhandenen Cluster die Hauptaufgaben dieser miRNAs übernommen haben und die jeweils anderen sich dann unterschiedlich entwickelt haben. Dadurch könnte ihre miRNA Funktionalität vollständig verloren gegangen sein oder sich verändert haben, wodurch das Cluster dann nicht mehr durch Blast gefunden wird.