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| Praktikum-Modul 2: "Community Structures in biologischen Netzwerken" |
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Top Varianten.
Abbildung 1 zeigt 4 Cluster. Ein großes Cluster umfasst alle 33 Wiesen des westlichen Mittelmeeres
(iberische Halbinsel, Balearen) über Tunesien bis nach Sizilien und Malta. Griechenland bildet ein
eigenes Cluster, sowie eine der Wiesen bei Zypern. Die anderen zwei liegen im vierten Cluster.
Abb 1: top Variante mit Insel- bzw.
Ländernamen; 37 Knoten, 546 Kanten
In Abbildung 2 ergeben sich deutlich mehr Cluster. Jedoch ist auch hier ein großes, den westlichen bis
mittleren Mittelmeerraum übergreifendes zu erkennen (hellblau). Dazwischen liegen einige kleinere
Cluster von zwei bis drei Wiesen. Meist umfassen diese nah beieinander liegende Wiesen (rot, lila).
Wie in Abbildung 1 bilden die Wiese bei Griechenland und eine der Wiesen bei Zypern ein eigenes
Cluster.
Abb.2 topVariante
mit Wiesenkürzeln; 37 Knoten, 546 Kanten
In Abbildung 3 wurde die untere Schranke für Kantengewichte auf deren Mittelwert festgelegt, d.h.
alle Knoten, die nur Kantengewichte unterhalb des Mittelwertes besitzen, entfallen (Griechenland,
Zypern, Cabrera ...). Nur Kanten mit überduchschnittlichen Gewichten werden verwendet, um die
Cluster zu bestimmen. Besitzt ein abgebildeter Knoten keine Kanten mehr, bedeutet dies, dass die
Organismen der zugehörigen Wiese die meisten Verwandschaftsbeziehungen untereinander besitzen.
Überduchschnittlich viele Kanten, d.h. Verwandtschaftsbeziehungen haben die Wiesen des westlichen
Mittelmeers. Auch hier ist wieder ein großes Cluster (hellbraun) und einige kleinere zu erkennen.
Abb.3 topVariante
mit Insel- bzw.
Länderkennung; Treshold 984; 29 Knoten, 165 Kanten
Setzt man die untere Schranke noch höher, ergibt sich der Graph aus Abbildung 4. Hier sind die
sechs Knoten mit den höchsten Kantengewichten abgebildet.
Abb.4 topVariante
mit Insel- bzw.
Länderkennung; Treshold 5000; 6 Knoten, 13 Kanten
In Abbildung 5 ist der normierte Graph mit einer threshold von 350, dem Mittelwert der normierten
Kantengewichte, in Abbildung 6 der, mit einer threshold von 1000, abgebildet. Jede Wiese besitzt
mindestens eine Kanten, die größer ist als das Mittel.
Abb.5 topVariante
mit Insel- bzw.
Länderkennung; threshold 350 (Mittelwert für
normierten Graph); 37 Knoten, 274 Kanten
Abb.6 topVariante
mit Insel- bzw.
Länderkennung; threshold 1000; 34 Knoten, 50 Kanten
Dist Varianten.
Trotz anderer Algorithmus Variante sind die Clustergraphen in Abbildung 7 und 8 denen aus
Abbildung 1 sehr ähnlich. Auch hier ist ein großes Cluster (lila bzw. grün) sehr dominant. Je weiter
östlich die Wiesen liegen, desto häufiger und kleiner werden die Cluster.
Abb.7 dist – Variante mit Insel- bzw.
Länderkennung; 37 Knoten, 546 Kanten
Abb.8 dist – Variante mit Wiesenkürzeln. 37 Knoten, 546 Kanten
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Maria Herberg
Stephanie Kehr
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