Praktikum-Modul 2: "Community Structures in biologischen Netzwerken"

txt-Files.

• genoAll.txt
• enthält alle auftretenden, unterschiedlichen Genotypen

• 836 verschiedene Genotypen

• KEY: Wiesenkürzel, derjenigen Wiese in der dieser Genotyp das erste mal aufgetreten ist

• FREQUENZ: Häufigkeit, wie oft der Genotyp überhaupt aufgetreten ist

• identische Genotypen traten maximal in zwei verschiedenen Wiesen auf und das sehr selten

• parents_names.txt
• unter den verbliebenen 836 Genotypen gab es 272.702 mögliche Verwandtschafts-Tripel (Kind, Elternteil1, Elternteil2)

• mit Duplikaten

• countInputSort.txt, countOutputSort.txt
• Anzahl aller aus- und eingehenden Kanten einer Wiese, d.h. wie oft ist eine Wiese „Kind“ (Input) und wie oft „Elternteil“ (Output)

• aufsteigend sortiert

• Input:
• minimal: 113 (Malta)
• maximal: 28157 (iberische Halbinsel – Los Genoveces)
• mean: 7370.324
• Output:
• minimal: 445 (Griechenland)
• maximal: 45497 (Mallorca – Porto Colom)
• mean: 14740.65
• kanten_graph.txt
• alle Paare von Wiesen (Wiese1,Wiese2,Kantengewicht), die als verwandt identifiziert wurden

• ungerichtet (Summe wie oft Wiese2 "Elternteil" von Wiese1 und umgekehrt)

• minimales Kantengewicht: 1 (Acqua Azzurra 5 - Tunesien)

• maximales Kantengewicht: 9549 (Roquetas - Playa Cavallets)

• mittleres Kantengewicht: 983.17

kanten_graph_normiert.txt
• normierte Kantengewichte aus kanten_graph.txt

• minimales Kantengewicht: 0,000067 (Punta Fanales - Malta)

• maximales Kantengewicht: 0,49847 (Amathous3 - Amathous3)

• mittleres Kantengewicht: 0,035

• matrix.txt
• zu alle Paare von Wiesen der Wert Input aus Wiese1 durch Input der Wiese insgesamt

• 0 bedeutet gar kein genetischer Austausch zwischen diesen Wiesen

• 1 bedeutet der gesamte genetischer Austausch findet zwischen diesen Wiesen statt

• kanten_matrix
• alle Paare von Wiesen, bei denen Matrixeintrag nicht Null

• ungerichtet (Summe der Matrixeinträge)

• minimales Kantengewicht: 0.0002 (Las Rotes - Marzamemi)

• maximales Kantengewicht: 0.7434 (Malta - Malta)

• mittleres Kantengewicht: 0.06332

• matrix_analyse.txt
• enthält zu allen Spalten der Matrix aus matrix.txt
• das Diagonalelement (Verwandtschaft mit sich selbst)

• den kleinsten Wert (am wenigsten Verwandtschaft)

• den grössten Wert (am meisten Verwandtschaft)

Hier gibts die txt-files und die dazugehörigen Perl-Skripte.
Maria Herberg
Stephanie Kehr