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Bioinformatik-Praktikum
Modul Protein-Strukturvorhersage
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Links
Webseiten
Datenbanken, Tools und Informationen zur Realisierung unserer Aufgabenstellung:
- Structure Predction Flowchart (vgl. Durchführung)
- http://www.bmm.icnet.uk/people/rob/CCP11BBS/flowchart2.html
- Informationen zur Vorgehensweise.
- PDB - Protein Datenbank
- http://www.rcsb.org/pdb/
- Hält Daten zu Proteinen und lieferte uns Strukturinformationen.
- NCBI - National Center for Biotechnology Information
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
- Für Bioinformatiker unverzichtbar.
- NCBI - Blast Tools
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/
- Wir nutzten rpsblast und blastp um unsren Target-Proteinen Domänen zuzuordnen.
- CASP 6 Targetliste
- http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Leere/Bioinformatik/target_list_prakt.html
- Hier wählten wir unsere Target-Proteinsequenzen aus.
- PredictProtein
- http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html
- Sequenz-Analyse und Strukturvorhersage.
- nnPredict
- http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html
- Mittelmäßiges Programm zur Sekundärstrukturvorhersage.
- PSIPRED
- http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
- Strukturvorhersage.
- FUGUE
- http://www-cryst.bioc.cam.ac.uk/fugue/
- Erkennung von Struktur- u. Sequenz-Homologieen.
- Superfamily
- http://supfam.mrc-lmb.cam.ac.uk/SUPERFAMILY/index.html
- Homologie-Suche
- ProtoNet
- http://www.protonet.cs.huji.ac.il/
- Automatische, hierarchische Einordnung von Proteinen.
- VMD - Visual Molecular Dynamics
- http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
- Visualisierung unserer Moleküle.
- Modeller
- http://structbio.vanderbilt.edu/comp/soft/modeller/
- Homologiebasierte Modellierung von Proteinstrukturen.
- ProFit
- http://www.bioinf.org.uk/programs/
- Analyse und Validierung von vorhergesagten Strukturdaten.
- PROSA
- http://lore.came.sbg.ac.at:8080/CAME/CAME_EXTERN/PROSA
- Bestimmung von Molekül-Energiekurven.