Praktikum: Sequenzanalyse und Genomik

Termin und Ort

11.-22.1.2010, Raum 329. Beginn zwischen 8:30 und 11:00 Uhr.
!!!Praktikumsbesprechung am 26.02.2010 ab 17:00 Uhr im Raum 109!!!

Aufgabenstellung

Annotation von nicht kodierenden genomischen Intervallen
  • Montag, 11.1.2010 Get yourself familiar with your computer account and follow the instructions in the README file until 11am. At 11am, Joerg Hackermueller and Sonja Prohaska will introduce you to the specific tasks.

Ausgangsdaten

Intervalle auf dem menschlichen Genom, die in unterschiedlichen Studien mit Tiling Arrrays zwischen nicht-malignen und Tumorproben, bzw. zwischen unterschiedlichen Tumorstadien differentiell exprimiert gefunden wurden.

Aufgaben

Untersuchung der Intervalle hinsichtlich:
  • Konservierung
  • Erstellung eines multiplen Sequenzalignments
  • RNA Sekundärstrukur, Konsensusstruktur des Alignments
  • Ggf. manuelles Editieren des Alignments anhand der Konsensusstruktur
  • Proteinkodierendes Potential des Intervalls (RNAcode)
  • Wenn nicht kodierend, Homologiesuche nach verwandten ncRNAs

Literatur

The Athanasius F. Bompfünewerer Consortium
RNAs Everywhere: Genome-Wide Annotation of Structured RNAs
Journal Of Experimental Zoology (Mol Ded Evol) 308B:1-25 (2007)
PDF

Dione Kampa, Jill Cheng, Philipp Kapranov, Mark Yamanaka, Shane Brubaker, Simon Cawley, Jorg Drenkow, Antonio Piccolboni, Stefan Bekiranov, Gregg Helt, Hari Tammana and Thomas R. Gingeras
Novel RNAs Identified From an In-Depth Analysis of the Transcriptome of Human Chromosomes 21 and 22
Genome Res. 2004 14: 331-342
PDF

Tim R. Mercer, Marcel E. Dinger, John S Mattick
Long non-coding RNAs: insights into functions
Nat Rev Genet. 2009 Mar;10(3):155-9. Review.
PDF

Kristin Reiche, Katharina Schutt, Kerstin Ullmann, Friedemann Horn, Jörg Hackermüller
Identification and annotation of non-protein coding RNAs.
PDF