Bioinformatics Leipzig

Bioinformatisches Praktikum: Modul "Nukleinsäuren" - ncRNAs in teleost fishes

16.01.2007 - 26.01.2007
Vorbesprechung: 08.12.2006, 11.30 Uhr, Raum 109
Das Praktikum findet in der Härtelstrasse 16-18 im Raum 320.6 (Studentenpool) statt.

Thematik

In den Genomen verschiedener Teleosten sollen nicht-kodierende RNA Gene identifiziert werden. Mit Hilfe von Tools zur Bestimmung multipler genomweiter Alignments, Vorhersage von RNA Sekundärstrukturen und Sequenz-Struktur-basierten Vorhersage Methoden wurden ncRNA Kandidaten aus den Genomen extrahiert. Ziel des Praktikums ist es diesen Datensatz weiter zu analysieren.

Am Ende des Praktikums sollen die Ergebnisse in Form eines kurzen Vortrags (15min) vorgestellt und im Internet auf der Bioinformatik Website zur Verfügung gestellt werden.

Informationen/Literatur

• Vienna RNA package
• RNAz
• Diverse Links zu ncRNA Datenbanken

Organismen (Genome)

EnsEMBL bzw.

• Takifugu rubripes
• Tetraodon nigroviridis
• Gasterosteus aculeatus
• Oryzias latipes
• Danio rerio

Weitere Publikationen (nur innerhalb des Uni Netzes erreichbar!)

• Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ.
  Basic local alignment search tool.
  J Mol Biol. 1990 Oct 5;215(3):403-10.
  PDF


• Lowe TM, Eddy SR.
  tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence.
  Nucleic Acids Res. 1997 Mar 1;25(5):955-64.
  PDF


• Hertel J, Stadler PF
  Hairpins in a Haystack: recognizing microRNA precursors in comparative genomics data.
  Bioinformatics. 2006 Jul 15;22(14):e197-202.
  PDF