Bioinformatisches Praktikum: Modul Nukleinsäuren

Ort: IZBI Kreuzstrasse 7b
Zeit:
Vorbesprechung: 15. Januar 2003, 17:00 IZBI
Kursteil: 31.3.-4.4.2003

Abschlussbesprechung: 7.Mai 2003, 18:00 (NEUER TERMIN !!!)
Veröffentlichung der Protokolle: Eine Woche nach der Abschlussbesprechung

Für den Praktikumsschein sind zumindest zwei Module zu absolvieren. Es wird jedoch im eigenen Interesse dringend empfohlen, wenn möglich in jedem Semester des Hauptstudiums ein Modul zu absolvieren um einen Überblick über der Fach zu erhalten!

Thema

Konservierte RNA Strukturen in einer Gruppe RNA Viren
Comoviridae - Potyviridae - Dicistroviridae
und eine Überblick ü Naked RNA Viruses

Literatur

Methoden

zum Beispiel folgende Preprints aus der Arbeitsgruppe "Theoretische Biochemie" in Wien: .

01-11-067 [Abstract] [Postscript] [PDF]
Secondary Structure Prediction for Aligned RNA Sequences
Ivo L. Hofacker, Martin Fekete, Peter F. Stadler
submitted (2001)

01-08-040 [Abstract] [Postscript] [PDF]
Conserved RNA Secondary Structures in Picornaviridae Genomes
C. Witwer, S. Rauscher, I.L. Hofacker, P.F. Stadler
Nucleic Acids Res. in press (2001).

[78] 99-NN-13 [Postscript]
Conserved Secondary Structures in Hepatitis B Virus RNA
Roman Stocsits, Ivo L. Hofacker, Peter F. Stadler
Computer Science in Biology. Univ. Bielefeld, D. GCB'99 Proceedings, Hannover, 1999. Pages 73-79.

[70] 99-NN-002 [Abstract] [Postscript]
RNA in silico: The Computational Biology of RNA Secondary Structures
Christoph Flamm,Ivo L. Hofacker, Peter F. Stadler
Adv. Complex Syst. 2: 65-90 (1999)

[69] 98-06-008 [Abstract] [Postscript] (SFI 98-06-58) [Published PDF]
Automatic Detection of Conserved Base Pairing Patterns in RNA Virus Genomes
Ivo L. Hofacker and Peter F. Stadler
Comp & Chem. 23: 401-414 (1999)

[61] 98-03-003 [Abstract ] [Postscript ] [ Published PDF] [ Published PS.gz]
Automatic Detection of Conserved RNA Structure Elements in Complete RNA Virus Genomes
Ivo L. Hofacker, Martin Fekete, Christoph Flamm, Martijn A. Huynen, Susanne Rauscher, Paul E. Stolorz, Peter F. Stadler
Nucl.Acids Res. 26: 3825-3836

[55] 96-12-01 [Abstract] [Postscript]
Secondary Structure of the 3'-Non-Coding Region of Flavivirus Genomes
Comparative Analysis of Base Pairing Probabilities
S. Rauscher, C. Flamm, C.W. Mandl, F.X. Heinz, P.F. Stadler
RNA 3: 779-791 (1997)

Useful Links

Hintergrund Literatur zu den Virusgruppen

ist selbst auszubutteln ...