Bioinformatisches Praktikum: Modul Proteinstrukturen
Ort: IZBI Kreuzstrasse 7bZeit:
Kursteil: 7.10.- 13.10.2004; 9:00 Uhr
Abschlussbesprechung: 3.11.04 um 19.00 Uhr
Veröffentlichung der Protokolle: Eine Woche nach der Abschlussbesprechung
Für den Praktikumsschein sind zumindest zwei Module zu
absolvieren. Es wird jedoch im eigenen Interesse
dringend empfohlen, wenn möglich in jedem Semester
des Hauptstudiums ein Modul zu absolvieren um einen Überblick
über der Fach zu erhalten!
Thema
-
Protein Structure Prediction
Methoden
-
Starting point
VMD - molecular visualization program
Structure
prediction flowchart
SCOP Structural Classification of
Proteins
CATH Protein Structure
Classification
Secondary Structure Predictors
PredictProtein
Cohen's nnpredict
Solovyev
and Salamov's SSP
SOPM Self-Optimised Prediction Method
King
and Sternberg's DSC (old version)
PSA from
BU
Jpred uses a neural network
Helix Start prediction from the Universities of Split and Osijek
Threading and fold recognition
PDBblast
Superfamily
structural assignment
FUGUE fold
recognition
3dpssm
SAM-T02
123D Input
Form
UCLA-DOE
Structure Prediction Server
LOOPP
PsiPred prediction
server
Libellula
SWISS-MODEL automated
homology model building tool
Modeller comparative homology modeling of proteins
Comparison and Validation
SARF2 Interactive Structural Superposition
Protein Geometry Web site by Mark Gerstein
EMBL biocomputing 3D modelling unit server page
Dali (Holm & Sander) 3D structure comparison
Biotech Structure Validation suite
WhatIf Web Interface
Procheck
Hintergrund Literatur zur Proteinstrukturvorhersage
ist selbst auszubutteln ...
Protein Databases
National Center for Biotechnology Information
PDB - Protein Data Bank
Swiss-Prot: Protein Sequence and Annotation Database
Link Collections
Secondary structure Prediction methods and links
Protein Structure Prediction methods and links
Biologische Vorkenntnisse
Aus welchen Bausteinen bestehen Proteine?Wie werden die Bausteine verknuepft?
Wie/Warum bilden Proteine "stabile" Strukturen?
Wie wird die Struktur von Proteinen beschrieben?
(Primarstruktur, Sekundaerstruktur, Tertiaerstruktur, Quartaerstruktur, Domaenen)
Wie werden Proteine und Proteinstrukturen dargestellt?
(one letter code, three letter code, Faltblatt, Helix, Atomkoordinaten...)
Welche Effekte koennen Aenderungen einzelner Bausteine auf die Struktur des Proteins und dessen Funktion haben?