Bioinformatics Leipzig

Sequenzanalyse und Genomik (Modul 10-202-2207)

Vorlesung:	Raum 109, Härtelstr. 16-18 oder digital; Mo 10:15-12:30 Uhr
Übung:	Raum 006, Härtelstr. 16-18 oder digital; Mo 17:15-19:00 Uhr Bitte Laptop mitbringen, falls vorhanden
Praktikum:	Raum 109, Härtelstr. 16-18 09.01.2023 - 04.02.2022 (Mo-Fr) Zeit während des Tages: ganztägig, Kernzeit: 10-16 Uhr Praktikumsanmeldung Wenn Ihnen nicht wichtig ist, welche der 2 Gruppen Sie besuchen, bitte warten sie mit der Anmeldung etwas. Anmeldung
Prüfung:	wird noch angekündigt Prüfungsanmeldung bis auf Weiteres Präsenzprüfung: Raum 309, Härtelstr. 16-18

Digital oder Präsenz?

Solange Präsenz erlaubt ist, findet diese Vorlesung in Präsenz statt, allredings zumindest teilweise im flipped-classroom Verfahren.

Moodle

Wir benutzen Moodle zusätzlich zu dieser Webseite. Die Moodle page zu diesem Kurs finden Sie hier.

Digitale Lernmaterialien stellen wir bei Moodle zur Verfügung. Für die Moodle-Seite der Hauptvorlesung ist kein Passwort nötig.

Übersicht über die Vorlesungen

VL	Datum	Raum	Uhrzeit	Thema
VL 1	10.10.22	R 109	10:15	Auftakt und Dr. Bernhart: NW Algorithmus
ÜB 1	10.10.22	R 006	17:15	Einfuehrung, Bitte falls vrohanden Laptop, am besten mit Linux, mitbringen
VL 2	17.10.22	R 109	10:15	Dr. Bernhart: SW und Gotoh
ÜB 3	17.10.22	R 006	17:15
VL 3	24.10.22	R 109	10:15	Dr. Bernhart: Scoring und MSA 1
ÜB 2	24.10.22	R 109	17:15
VL 4	07.11.22	R 109	10:15	Dr. Weinberg: Phylogenie
ÜB 4	07.11.22	R 006	17:15	Bitte, bringen Sie einen Laptop mit Linux, falls möglich
VL 5	14.11.22	R 109	10:15	Dr. Bernhart
ÜB 5	14.11.22	R 006	17:15
VL 6	21.11.22	R 109	10:15	Dr. Bernhart
ÜB 6	21.11.22	R 006
VL 7	28.11.22	R 109	10:15	Dr. Weinberg: Phylogenie
ÜB 7	28.11.22	R 006	17:15
VL 8	05.12.22	R 109	10:15	Dr. Weinberg: Phylogenie / Hidden Markov Models
ÜB 8	05.12.22	R 006	17:15
VL 9	12.12.22	R 109	10:15	Dr. Weinberg: Hidden Markov Models
ÜB 9	12.12.22	R 006	17:15
VL 10	19.12.21	R 109	10:15	Dr. Weinberg: Hidden Markov Models
ÜB 10	19.12.21	R 006	17:15

Linux und Python

Linux onna stick iso

• xubuntu_20.4 iso (8GB) with some bioinformatics tools preinstalled
• md5 pruefsumme: adccfb9a7e59a22549c42f89fe7fbd33
• user (standard): bioinf
• pwd: test
• Generieren Sie einen PERSISTENTEN live USB stick!
• Aus windows zB mit RUFUS, wie hier beschrieben
• Am besten mind. 16GB USB 3 stick

Youtube-tutorials fuer den Linux terminal (Sinnvoll fuer Anfaenger und Insomniageplagte)

Deutsch:

• https://www.youtube.com/watch?v=IlSaXd2CHzs
• https://www.youtube.com/watch?v=YAuqgvEiojU
Englisch:
• https://www.youtube.com/watch?v=MmHcOPJEjGA&list=PLII6oL6B7q78PKy6_R6JTkkYjVXZBZcVq&index=1
• https://www.youtube.com/watch?v=2FiQSLdnBqA

Einleitung in Linux/UNIX als Dokument:

• http://www.ee.surrey.ac.uk/Teaching/Unix/ (Englisch)

Sinnvoll sind auch sogenannte "Cheat sheets"

• https://files.fosswire.com/2007/08/fwunixref.pdf
• https://devhints.io/bash

Python

Python cheat sheet:
• https://github.com/ehmatthes/pcc/releases/download/v1.0.0/beginners_python_cheat_sheet_pcc.pdf
• https://perso.limsi.fr/pointal/_media/python:cours:mementopython3-english.pdf
Python For Beginners
• https://www.python.org/about/gettingstarted/
Python Documentation
• https://docs.python.org/3/
Biopython
• Biopython Tutorial and Cookbook . Entwicklungsumgebungen
  • https://wiki.python.org/moin/IntegratedDevelopmentEnvironments
  Biopython
  • https://biopython.org/

  Im internet nach alternativen suchen

  • https://www.startpage.com/
  • www.google.com
  • http://www.bing.com/
  • https://www.ecosia.org/

  Literatur

  ClustalW
  Muscle
  T-Coffee
  Boeckenhauer und Bongartz: Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik; Teubner, Wiesbaden; ISBN 3-519-00398-8
  Durbin, Eddy, Krogh and Mitchison: Biological Sequence Analysis; Cambridge University Press; ISBN 0-521-62971-3
  Wuenschiers: Wiley Schnellkurs Bioinformatik fuer Anwender; Wiley-VCH; ISBN: 978-3-527-53040-3