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Sequenzanalyse und Genomik (Modul 10-202-2207)

Vorlesung: Raum 109, Härtelstr. 16-18 oder digital; Mo 10:15-12:30 Uhr
Übung: Raum 006, Härtelstr. 16-18 oder digital; Mo 17:15-19:00 Uhr
Praktikum: Wahrscheinlich digital, mit praesenzangeboten in Raum 109, Härtelstr. 16-18
10.01.2022 - 21.01.2021 (Mo-Fr)
Zeit während des Tages: ganztägig, Kernzeit: 10-16 Uhr
Praktikumsanmeldung: Anmeldung
Prüfung:Prüfungsanmeldung bis auf Weiteres Präsenzprüfung: Raum 109, Härtelstr. 16-18

Digital oder Präsenz?

AB 13.12 21 findet diese Veranstaltung nur mehr digital statt. Bitte laden Sie dazu im Moodle die Vorlesung herunter. Das Praktikum findet voraussichtlich auch nur digital statt.

Moodle

Wir benutzen Moodle zusätzlich zu dieser Webseite. Um diesen Kurs in Moodle zu finden, rufen Sie https://moodle2.uni-leipzig.de/ auf, dann navigieren: --> Fakultät für Mathematik und Informatik --> Institut für Informatik --> Wintersemester 2021/22 --> Sequenzanalyze und Genomik.

Die Moodlewebseite wird noch angelegt.

Digitale Lernmaterial stellen wir bei Moodle zur Verfügung. Kein Passwort ist für die Moodle-Seite der Hauptvorlesung nötig.

Übersicht über die Vorlesungen

VLDatumRaumUhrzeitThema
VL 111.10.21 R 109 10:15 Auftakt und Dr. Bernhart:
ÜB 111.10.21 digital 17:15 Einfuehrung, BBB link
VL 318.10.21 R 109 10:15 Dr. Weinberg: Phylogenie
ÜB 318.10.21 digital nicht live Dr. Weinberg: Phylogenie
VL 225.10.21 R 109 10:15 Dr. Weinberg: Phylogenie
ÜB 225.10.21 digital nicht live Dr. Weinberg: Phylogenie
VL 401.11.21 R 109 10:15 Dr. Bernhart: Gotoh-Algorithmus, u.a.
ÜB 401.11.21 R 006 18:00 Dr. Bernhart:
VL 508.11.21 R 109 10:15 Dr. Bernhart:
ÜB 508.11.21 R 006 17:15 Dr. Bernhart:
VL 615.11.21 R 109 10:15 Dr. Weinberg: Phylogenie/Hidden Markov Modelle
ÜB 615.11.21 digital nicht live Dr. Weinberg: Phylogenie/Hidden Markov Modelle
VL 722.11.21 R 109 10:15 Dr. Weinberg: Hidden Markov Modelle
ÜB 722.11.21 R 109 17:15 Dr. Weinberg: Hidden Markov Modelle. Findet in Präsenz im gleichen Raum wie die Vorlesungen statt.
3G Beweis wird kontrolliert.
VL 829.11.21 R 109 10:15 Dr. Weinberg: Hidden Markov Modelle
3G Beweis wird kontrolliert.
ÜB 829.11.21 R 109 17:15 Dr. Weinberg: Hidden Markov Modelle. Findet in Präsenz im gleichen Raum wie die Vorlesungen statt, es sei denn die Uni die Corona-Regelungen ändert.
3G Beweis wird kontrolliert.
VL 906.12.21 R 109 10:15 Dr. Bernhart: heuristische MSA Algorithmen
ÜB 906.12.21 digital 17:15 Dr. Bernhart: Dateiformate fürs Praktikum BBB link
VL 1013.12.21 digital 10:15 Dr. Bernhart: Mapping, Vorlesungsvideo auf Moodle, Fragestunde: BBB link
ÜB 1013.12.21 digital 17:15 Dr. Bernhart:

Linux und Python

Linux onna stick iso

  • wird noch hochgeladen

Youtube-tutorials fuer den Linux terminal (Sinnvoll fuer Anfaenger und Insomniageplagte)

Einleitung in Linux/UNIX als Dokument:

Sinnvoll sind auch sogenannte "Cheat sheets"

Python

Python cheat sheet: Python For Beginners Python Documentation Biopython
  • Biopython Tutorial and Cookbook . Entwicklungsumgebungen Biopython

    Im internet nach alternativen suchen

    Literatur

    ClustalW
    Muscle
    T-Coffee
    Boeckenhauer und Bongartz: Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik; Teubner, Wiesbaden; ISBN 3-519-00398-8
    Durbin, Eddy, Krogh and Mitchison: Biological Sequence Analysis; Cambridge University Press; ISBN 0-521-62971-3
    Wuenschiers: Wiley Schnellkurs Bioinformatik fuer Anwender; Wiley-VCH; ISBN: 978-3-527-53040-3