Bioinformatik III

Ort: IZBI Kreuzstrasse 7b

Zeit: Montag 13:15 Uhr

Email für die gesamte Studentengruppe: bio3ws04@bioinf.uni-leipzig.de

Die Lehrveranstaltung wendet sich in erster Linie an Studierende der Studienrichtung Bioinformatik kurz vor der Diplomarbeit. Die Vorlesungen Bioinf I (Grundlagen) und Bioinf II (Strukturbiologie) sollten gehört worden sein.
Ziel der Lehrveranstaltung ist es neue Methoden der Bioinformatik in einigem Detail darzustellen und insbesonderes auch Fragestellungen für mögliche Seminar-, Praktikums-, oder Diplomarbeiten zu diskutieren.

Inhalt:

  • Alignments von zirkulären Sequenzen
  • Vergleich von Gen-Anordnungen
  • Baum-Alignments: Editier-Distanzen auf geordneten Bäumen als Grundlage von RNA Struktur Vergleichen
  • RNA-basierte Phylogenien
  • Evolutionsraten und Tests für Unterschiede in Evolutionsraten
  • Blast und seine stastischen Eigenschaften
  • Suffix-Bäume und Sequenz-Vergleiche
  • Algebraisches Dynamic Programming (falls Zeit bleibt)

Literatur:

wird in der Vorlesung bekanntgegeben.