Graphen und biologische Netze (Modul 10-202-2205)

Vorlesung: ab dem
26.10.2020		 Raum 319, Härtelstr. 16-18; Mo 14:00-17:00 Uhr
Die Vorlesung findet ONLINE statt. Die VL wird Montag nachmittag aufgezeichnet und wird ihnen am Dienstag im Laufe des Tages zur Verfügung stehen. Weiter Einheiten werden nach Möglichkeit dann bereits vor dem VL Termin zu Verfügung stehen. Eine erster Konsultationstermin wird voraussichtlich Montag 9.11. im Zeitfenster der VL stattfinden.

Die Aufzeichnung von Montag 2.11. finden Sie hier


Literatur zur Laplace Matrix: Zu diesem Thema gibt es einen sehr guten Übersichts-Artikel von Bojan Mohat [PDF]
Einen Alternativen Beweis zur oberen Schranke an die algebraische Konnektivitaetfinden Sie auch im Moodle Material.
Literatur zu Kreisbasen:Zu diesem Thema gibt es einen sehr guten Übersichts-Artikel von Christian Liebchen und Romeo Rizzi [PDF] und eine Artikel mit viel Material zu Algorithmen: PDF]
Material zum Satz von MacLane ist hier zu finden [PDF]
Konsultationen Montag 14:00-15:00 (online) 9.11. abgeschlossen
16.11. abgeschlossen
23.11. abgeschlossen
30.11. siehe moodle
16.12. 14:00-15:30 Konsultation zur Spezialvorlesung & kurze Praktikumsvorbesprechung

Das Link wird in Zunkunft kurz vor dem Termin HIER bekanntgegeben.
Spezialvorlesung: ONLINE.
Material:
Corneil et al : Cographen [PDF]
Hellmuth et al: Phylogenomics with Paralogs [PNAS website]
Hintergrund zu Horizontalem Gentransfer: Soucy et al [Nature Reviews Genetics volume 16, pages472–482(2015)]
Seminar: VIRTUELL
Praktikum: 11.01.2020
bis
22.01.2020		 VIRTUELL
Material
Simulator AsymmeTree at [github>]
Algorithm for Cluster Deletion on Cographs [PDF]
Preprint "Indirect Identication of Horizontal Gene Transfer" [PDF]

Ab 11.01.2021 taeglich hier: https://meet.uni-leipzig.de/b/hoe-1ao-3w4-2un
Am 11.01. ab 10:30 Uhr!
Moodle: Link zum Kurs in Moodle

Here we collect information for all four parts (lecture, special lecture, seminar, and practical course) of the module Graphen und Biologische Netze.

Pruefung Graphentheorie

Bitte melden sie sich mittels dieser beiden Schritte an. In Schritt zwei waehlen sie den fruehsten Termin ihrer persoenlichen Auswahl. Nicht den generell fruehsten, sondern den zu Ihnen passenden (vgl. Umfrage!).
  1. Anmeldung zum Modul (lokale BioInf-Anmeldung in unserem System)
  2. Anmeldung zum Pruefungstermin

Practical Course

11.01.2021
https://meet.uni-leipzig.de/b/hoe-1ao-3w4-2un

Auf Grund des Rundschreibens des Rektorats von heute, 11.Dez.2020 ruht der Lehrbetrieb vom 17.Dez. bis 10.Jan.
Aus diesem Grund wird das Praktikum Graphentheorie um eine Woche verschoben und beginnt am 11.01.2021.
Sollte sich bei Ihnen dadurch eine Kollision mit dem Praktikum zu Sequenzanalyse und Genomik ergeben kontaktieren sie studla@bioinf und choener@bioinf so Bald wie moeglich um eine Loesung zu finden.

Meldung an choener@bioinf und studla@bioinf


Grundlegendes zum Praktikum
  • das Praktikum besteht aus 2 Wochen voller Arbeitszeit als Blockpraktikum
  • (eventuell) inklusive ein paar Tagen Extrazeit bei weniger/keiner Betreuung
  • und einer Abschlussbesprechung
  • finden sie sich bitte in 3er-Gruppen zusammen
    Inhalt
    ... wird hier in laufe des November bekanntgegeben

    Seminar

    Das Literaturseminar wird ausnahmsweise durch *kurze* schriftliche Ausarbeitungen, die Sie in Gruppenarbeiten zu je 3 Teilnehmern durchführen werden. Bis vor Beginn der Weihnachtferien wählt jede Gruppe eine Publikation die 2019 oder 2020 erschienen ist und die Anwendung von Graphen/Netwerken auf ein biologisches Problem oder eine algorithmisch/methodische Neuerung beschreibt. In der Ausarbeitung soll auf nicht mehr als 3 Seiten zusammengefasst werden, was die Innovation der Publikation ist, und wie sich diese mit sehr ähnlichen Arbeiten vergleicht. Die Organisation des Seminar-Ersatzes erfolgt via moodle.
  • Es darf muss aber nicht die gleiche 3er-Gruppe wie zum Praktikum sein
  • Suchen sie bis zum 1.Dezember 2020 ein Paper und schicken sie dieses an choener@bioinf
  • Achten sie darauf kein Paper zu waehlen das bereits in einem der vorigen Jahre vorgestellt wurde (Past classes, dann jeweils diese VL anschauen)

    Zeit und Ort des Praktikums

  • Praktikum vom: 04.01.2021 -- 15.01.2021 (betreut),
  • voraussichtlich 18.01.2021 -- 21.01.2021 nicht betreute Nacharbeitszeit,
  • voraussichtlich Abschlussbesprechung 22.01.2021
  • Wenn möglich, wird die Abschlussbesprechung in Präsenz stattfinden,
  • ``betreut'' bezieht sich hierbei auf eine Betreuung die grösstenteils online statt findet, aber
  • Sofern die Lage es ermöglicht, wird es während der betreuten Zeiten auch fuer jede Gruppe 1-2 Präsenz-Konsultationen im Raum R109 geben. Dies wird, aufgrund der rasch veränderlichen Lage, erst zu Praktikumsbeginn im Detail organiziert.
    Details folgen




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    Research Questions

    Tasks