Sequenzanalyse und Genomik (Modul 10-202-2207)

WICHTIG! Da die Coronaampel der Universität auf GELB steht, wird diese Vorlesung am 26. 10. als digitale Veranstaltung begonnen. Die Vorlesung wird auf der Moodle page der Vorlesung verlinkt.
Vorlesung: Digital oder Raum 319, Härtelstr. 16-18; Mo 10:15-12:45 Uhr
Übung:Digital Bigbluebutton
Praktikum: Digital
Prüfung:Prüfungsanmeldung: Anmeldung
Wegen des Coronavirus werden Prüfungen digital über BBB stattfinden. Die URL wird bei Moodle angegeben. Die URL wurde geändert (10. Februar). Die neue URL ist bei Moodle angegeben

Generelle Anmeldungen

Eine "Ampel" bestimmt die Location der Hauptvorlesung

  • Die Coronaampel der Uni-Leipzig ist hier.
  • Bei Grün findet die Hauptvorlesung im Raum 319 (Kleiner Hörsaal) staat. Wenn Sie nicht wissen, wo er ist, schauen Sie ganz unten auf dieser Webseite.
  • Bei Gelb, Orange oder Rot ist die Hauptvorlesung digital.
  • Bitte informieren Sie sich über den Ampelstand, bevor Sie zum Hörsaal gehen!
  • Wenn die Ampel kurzfristig auf Gelb, Orange oder Rot geht, könnte es einige Tage dauern, bevor wir die digitale Vorlesung hochladen können.

Moodle

Alle digitalen Lernmaterial stellen wir bei Moodle zur Verfügung. Kein Passwort ist für die Moodle-Seite der Hauptvorlesung nötig.

Übersicht der Vorlesungen

VLDatumRaumUhrzeitThema
VL 126.10.20 digital 10:15 Needleman Wunsch Alignment, Fragen: Bigbluebutton 10:15 - 12:00
ÜB 126.10.20 digital 17:30
VL 202.11.20 digital 10:15 Smith Waterman, Gotoh, Fragen: Bigbluebutton 10:15 - 12:00
ÜB 202.11.20 digital 17:30
VL 309.11.20 digital 10:15 Scoring, MSA, Fragen: Bigbluebutton 10:15 - 12:00
ÜB 309.11.20 digital 17:30
VL 416.11.20 digital 10:15 Phylogenie. Fragen zur Vorlesung bzw. Übung: Bigbluebutton (Hinweis: Link wurde geändert).
10:15-11:15 (wird nach Bedarf verlängert werden)
ÜB 416.11.20 digital 17:30
VL 523.11.20 digital 10:15 Phylogenie II (wahrscheinlichkeitsbasierte Methoden).
Fragen zur Vorlesung bzw. Übung: Bigbluebutton
10:15-11:15 (wird nach Bedarf verlängert werden)
ÜB 523.11.20 digital 17:30
VL 630.11.20 digital 10:15 Phylogenie-Projektchen
Fragen zur Vorlesung bzw. Übung: Bigbluebutton
10:15-11:15 (wird nach Bedarf verlängert werden)
ÜB 630.11.20 digital 17:30
VL 707.12.20 digital 10:15 Hidden-Markov-Modelle (HMMs)
Fragen zur Vorlesung bzw. Übung: Bigbluebutton
10:15-11:15 (wird nach Bedarf verlängert werden)
ÜB 707.12.20 digital 17:30
VL 814.12.20 digital 10:15 Paar-HMMs und ein entsprechendes Paper
Fragen zur Vorlesung bzw. Übung: Bigbluebutton
10:15-11:15 (wird nach Bedarf verlängert werden)
ÜB 814.12.20 digital 17:30
VL 911.01.21 digital verschoben! 12:35 schnelle PWA, MSA, Fragen: Bigbluebutton 12:35 - 13:30
ÜB 911.01.21 digital 17:30

Linux und Python

Linux onna stick iso

  • xubuntu_20.4 iso (8GB) with some bioinformatics tools preinstalled
  • md5 pruefsumme: adccfb9a7e59a22549c42f89fe7fbd33
  • user (standard): bioinf
  • pwd: test
  • Generieren Sie einen PERSISTENTEN live USB stick!
  • Aus windows zB mit RUFUS, wie hier beschrieben
  • Am besten mind. 16GB USB 3 stick

Youtube-tutorials fuer den Linux terminal (Sinnvoll fuer Anfaenger und Insomniageplagte)

Einleitung in Linux/UNIX als Dokument:

Sinnvoll sind auch sogenannte "Cheat sheets"

Python

Python cheat sheet: Python For Beginners Python Documentation Biopython Entwicklungsumgebungen

Im internet nach alternativen suchen

Literatur

ClustalW
Muscle
T-Coffee
Boeckenhauer und Bongartz: Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik; Teubner, Wiesbaden; ISBN 3-519-00398-8
Durbin, Eddy, Krogh and Mitchison: Biological Sequence Analysis; Cambridge University Press; ISBN 0-521-62971-3
Wuenschiers: Wiley Schnellkurs Bioinformatik fuer Anwender; Wiley-VCH; ISBN: 978-3-527-53040-3