Graphen und biologische Netze (Modul 10-202-2205)
| Vorlesung: | 14.10.2019 - 25.11.2019 |
Raum 109, Härtelstr. 16-18; Mo 14:00-17:00 Uhr |
| " | 02.12.2019 |
Raum 109, Härtelstr. 16-18; Mo 11:00-14:00 Uhr |
| Spezialvorlesung: | 02.12.2019 |
Raum 109, Härtelstr. 16-18; Mo 15:00-18:00 Uhr |
| " | 09.12.2019 - 16.12.2019 |
Raum 109, Härtelstr. 16-18; Mo 14:00-17:00 Uhr |
| Seminar: | 20.01.2020 - 22.01.2020 | Raum ??, Härtelstr. 16-18 |
| Praktikum: | 03.02.2020 - 21.02.2020 | Raum 109, Härtelstr. 16-18 |
Here we collect information for all four parts (lecture, special lecture, seminar, and practical course) of the module Graphen und Biologische Netze.
Registrierung fuer Modul und Seminarvortrag
0. Falls sie mir (choener@) bis 27.11.2019 12:00 Uhr eine Mail mit Themenvorschlag geschickt hatten, und ich *nicht* geantwortet habe, dann schicken sie bitte neu Mit Mail-titel "Seminar Graphen und biologische Netze" damit ich die email auch finde. Bitte registrieren sie sich fuer das Modul und den Seminarvortrag in zwei Schritten: 1. Melden sie sich ueber diesen Link fuer das Modul an Achten sie fuer Schritt 2. auf Folgendes:- Waehlen sie den einzig verfuegbaren Semintartag -- dieser ist nicht relevant, da wir thematisch auf die drei Tage verteilen werden!
- Geben sie im "abstract" auch einen Link zum Paper in der letzten Zeile an
- "Autor" sind die Autoren des Paper
Pruefungstermine
- Auf Grund der aktuellen Situation (Corona-Virus) werden wir die Pruefungen via Video-Chat durchfuehren.
- Pruefungen koennen auch kurzfristig via Email (bitte an choener@ und studla@) abgesagt werden
- Bitte finden sie sich in 3-er Gruppen zusammen fuer die Pruefung.
- Weitere Informationen spaeter
News
28.11.2019: Bitte Vorlesungszeiten am 02.12.2019 (siehe oben) beachtenÜbersicht der Vorlesungen
| VL | Datum | Tag | Raum | Uhrzeit | Thema | Wer |
|---|---|---|---|---|---|---|
| VL 1 | 14.10.19 | MO | R 109 | 14:00 | P | |
| VL 2 | 21.10.19 | MO | R 109 | 14:00 | C | |
| VL 3 | 28.10.19 | MO | R 109 | 14:00 | P | |
| VL 4 | 04.11.19 | MO | R 109 | 14:00 | P | |
| VL 5 | 11.11.19 | MO | R 109 | 14:00 | C | |
| VL 6 | 18.11.19 | MO | R 109 | 14:00 | C | |
| VL 7 | 25.11.19 | MO | R 109 | 14:00 | C | |
| VL 8 | 02.12.19 | MO | R 109 | 11:00 | C/P | |
| SV 1 | 02.12.19 | MO | R 109 | 15:00 | ||
| SV 2 | 09.12.19 | MO | R 109 | 14:00 | ||
| SV 3 | 16.12.19 | MO | R 109 | 14:00 |
Main Lecture
The lecture is a blackboard-style lecture. There is no TeX script!Special Lecture
Seminar
Thema: Ein Originalartikel zum Thema Graphen/Netwerke mit Publikationsjahr 2018 oder später IMPORTANT: STICK TO 15 min presentations! Note that the seminar takes place in R015.1! Vortragsliste gibts aus technischen Gruenden leider erst am Freitag. Hier schon mal die Time-Slots! Achtung: noch nicht final!Session 1: Montag 20.1 10:00-12:00 5 Vortraege
- xxxx461, Controlling large Boolean networks with single-step perturbations,
- xxxx683, Counterexamples to Hedetniemi, link
- xxxx269, A Connected Version of the Graph Coloring Game
- xxxx276, Computing Optimal Shortcuts for Networks, link
- xxxx833, Graph-Theoretic Analysis of Belief System Dynamics under Logic Constraints, link
Session 2: Montag 20.1 13:00-15:00 5 Vortraege
- xxxx150, Effects of Chronic Sleep Restriction on the Brain Functional Network, as Revealed by Graph Theory
- xxxx527, Evolutionary Graph Clustering for Protein Complex Identification, link
- xxxxx33, The translational network for metabolic disease - from protein interaction to disease co-occurrence, link
- xxxx781, Predicting Parkinson ...
- xxxx962, Spatial temporal graph convolutional networks for skeleton-based action recognition
Session 3: Dienstag 21.1 10:00-12:00 5 Vortraege
- xxxx982, Human Microbe-Disease Association Prediction With Graph Regularized Non-Negative Matrix Factorization,
- xxxx394, Modeling polypharmacy side effects with graph convolutional networks, link
- xxxx853, Partial Homology Relations - Satisfiability in terms of Di-Cographs, link
- xxxx654, A Graph-Based Machine Learning Approach for Bot Detection,
- xxxx379, A Hierarchical Synchronous Parallel Model for Wide-Area Graph Analytics, link
Session 4: Dienstag 21.1 14:00-16:00 5 Vortraege
- xxxx627, Evolutionary games on isothermal graphs, link
- xxxx810, Addressing the minimum fleet problem in on-demand urban mobility,
- xxxx962, A DNA Computing Model for the Graph Vertex Coloring Problem Based on a Probe Graph
- xxxx813, Graph-based Comparison of IoT and Android Malware, link
- xxxx042, Graph Thumbnails: Identifying and Comparing Multiple Graphs at a Glance,
Session 5: Mittwoch 22.1 10:00-13:00 4 Vortraege + Notfallslot + Vorbesprechung des Praktikums
- xxxx971, Genome-wide somatic variant calling using localized colored de Bruijn graphs, link
- xxxx167, Applying graph theory to protein structures: an Atlas of coiled coils
- xxxx227, Deep expander networks: Efficient deep networks from graph theory
- xxxx986, A graph theoretical approach for node covering in tree based architectures and its application to bioinformatics, link
- ca. 12:00 -- 13:00 Vorbesprechung des Praktikums (die Vorbesprechung beginnt nach dem letzten Talk, nicht unbedingt um 12:00!)
Practical Course
Grundlegendes zum Praktikum~/.ssh/config werden zwei Eintraege benoetigt.
Praktikumsserver:
Host prserver
HostName praktikumserver.bioinf.uni-leipzig.de
ForwardAgent yes
User praktikum
und dann noch fuer den jeweiligen prakXY Rechner
Host prakXY
HostName prakXY
Proxyjump prserver
User praktikum
Das alles funktioniert sehr viel einfacher wenn man ssh keys anlegt.
Jetzt sollte man einfach ssh prakXY tippen koennen und auf dem passenden Rechner landen -- mit viel Passwort tippen, wenn man keine ssh keys anlegt.
Weiterfuehrende Ideen zur heuristischen Aehnlichkeitsbestimmung
Weitere Paper
Zeit und Ort des Praktikums
Praktikum vom: 03.02.2020 -- 07.02.2020 (betreut), 10.02.2020 -- 14.02.2010 (nicht betreut), 17.02.2020 -- 21.02.2020 (betreut)Raum: R109
Ganztaetig: 10:00 -- 17:00