Bioinformatik von RNA- und Proteinstrukturen (Modul 10-202-2208)
| Vorlesung: | Raum 109, Härtelstr. 16-18; Mo 10:15-12:30 Uhr | |
| Übung: | Raum 006, Härtelstr. 16-18; Mo 17:15-19:15 Uhr | |
| Praktikum: | Raum 109, Härtelstr. 16-18 Gruppe 1: 17.06.2019 - 28.06.2019 (Mo-Fr) Gruppe 2: 01.07.2019 - 12.07.2019 (Mo-Fr) | |
| Prüfung |
Anmeldung Ort: Haertelstr. 16-18, Raum 309 (Bibliothek Bioinformatik) Hinweis: die Termine in der Prüfungsanmeldung sind nicht nach Datum sortiert. |
Themenübersicht der Vorlesungen
| VL | Datum | Raum | Uhrzeit | Thema |
|---|---|---|---|---|
| VL 1 | 01.04.19 | R 109 | 10:15 | Handout 1, Handout 2 |
| ÜB 1 | 01.04.19 | R 006 | 17:15 | |
| VL 2 | 08.04.19 | R 109 | 10:15 | Handout |
| ÜB 2 | 08.04.19 | R 006 | 17:15 | |
| VL 3 | 15.04.19 | R 109 | 10:15 | Handout |
| ÜB 3 | 15.04.19 | R 006 | 17:15 | |
| VL 4 | 29.04.19 | R 109 | 10:15 | Proteins |
| ÜB 4 | 29.04.19 | R 006 | 17:15 | |
| VL 5 | 06.05.19 | R 109 | 10:15 | |
| VL 6 | 13.05.19 | R 109 | 10:15 | |
| ÜB 5 | 13.05.19 | R 006 | 17:15 | |
| VL 7 | 20.05.19 | R 109 | 10:15 | |
| ÜB 6 | 20.05.19 | R 006 | 17:15 | |
| VL 8 | 27.05.19 | R 109 | 10:15 | |
| ÜB 7 | 27.05.19 | R 006 | 17:15 | |
| VL 9 | 03.06.19 | R 109 | 10:15 | |
| ÜB 8 | 03.06.19 | R 006 | 17:15 |
Praktikum
Das Praktikum findet wie folgt statt:
| Raum: | 109, Härtelstr. 16-18 |
| Zeit: | ganztägig, Kernzeit: 10-16 Uhr |
| Datum: | Gruppe1: 17.06.2019 - 28.06.2019, Gruppe2: 01.07.2018 - 12.07.2018 |
Details
Papers to read BEFORE the Praktikum begins
Please read these papers before the beginning of the Praktikum:Format of presentations
Each student will present their findings in the Praktikum.
- These presentations will take place on last day of Praktikum. (Group 1: 28.06.2019. Group 2: 12.07.2019.)
- Your slides in PDF format are due by 10:30 on that day (by USB stick or e-mail to zasha@bioinf; please include your name in the file name, e.g. "slides-zasha-weinberg.pdf"). We will begin presentations at 11:00.
- Talks are maximum 10 minutes, plus 2 additional minutes for questions.
- Talks must be in English
Brief description of project
Im Praktikum werden Protein-RNA Interaktionen untersucht. Am Beispiel ribosomaler Proteine und deren Leadersequenze soll getestet werden, wie gut sich Interaktionen berechnen lassen und ob sich daraus Vorhersagen fuer unbekannte Bindungspartner ableiten lassen. Mit Hilfe verschiedener Vorgehensweisen und Tools wird versucht Protein-RNA Interaktionen zwischen ribosomalen Proteinen und deren RNAs fest zu stellen und zu analysieren. Das Praktikum befasst sich mit Protein-RNA Interaktionen zwischen ribosomalen Proteinen und deren RNAs (rRNA, mRNA, Leadersequenze). Im Besonderen soll versucht werden, mit Hilfe verschiedener Software, Interaktionen festzustellen, zu analysieren und vorherzusagen.
Folien zum Thema:
- allgemeine Einleitung (einige Folien wurden gelöscht)
- PyMOL
Kommandos, Links usw.
Um YaaleRNA auszuführen: export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib
Häufige und rätselhafte Fehlmeldung mit R2R: "error: basic_string::_M_construct null not valid" Ursache: die Kommandozeile ist nicht vollstandig -- sie muss 2 Dateien enthalten.
Ribosomstrukturen. Für L10 r-leader: 6q9a. Im Allgemeinen: 6gzq. Es gibt auch andere Kristallstrukturen des Ribosomes.
rRNAs in Rfam Database:
| 5S rRNA | 16S (small subunit) | 23S (large subunit) | |
|---|---|---|---|
| Bakterien | RF00001 | RF00177 | RF02541 |
| Archaeen | RF00001 | RF01959 | RF02540 |