Sequenzanalyse und Genomik (Modul 10-202-2207)

Vorlesung: Raum 109, Härtelstr. 16-18; Mo 10:15-12:45 Uhr
Übung: Raum 006, Härtelstr. 16-18; Mo 17:15-19:00 Uhr
Praktikum: Raum 109, Härtelstr. 16-18
Gruppe 1: 14.01.2019 - 25.01.2019 (Mo-Fr)
Gruppe 2: 28.01.2019 - 08.02.2019 (Mo-Fr)
Zeit: ganztägig, Kernzeit: 10-16 Uhr Anmeldung
Prüfung Anmeldung
Ort: Haertelstr. 16-18, Raum 309 (Bibliothek Bioinformatik)
Bei dringendem Bedarf können zusätzliche Termine geöffnet werden.

Praktikum: Metagenomics of Beer using Oxford Nanopore Sequencing

The aim is to identify the set of species present in different beer samples and, in addition, to analyze their genomes and the performance of our sequencing runs.

Nanopore Sequencing in class was financially supported by the "Vereinigung von Förderern und Freunden der Universität Leipzig e.V.".

Important: Reading & Preparation

Please read the following before the beginning of your Praktikum group:
  • Paper about Nanopore technology.
  • Review paper on metagenomics. (It's possible that the paper is only accessible within the Uni.)
  • Biopython Tutorial and Cookbook .
    • Read Chapter 1 ("Introduction")
    • Read & try examples in Chapter 2 ("Quick start - What can you do with Biopython")
    • Read Section 20.1 ("Working with sequence files")

Organoleptisches testen von Hefeveredelten Produkten.

  • Organisieren Sie sich hefeveredelte gekühlte Hopfen/Malz Produkte und testen Sie diese organoleptisch. Können Sie Unterschiede zwischen verschiedenen Fabrikaten feststellen?*
  • Wiederholen sie die organoleptische Probe mit gewürztem Weinbasierten warmen hefeveredelten Getränken. Was fällt ihnen auf?*
  • Organisierens Sie sich ein Stück Dresdner Stollen, welcher Hefe enthält, und machen Sie eine organoleptische Probe.
  • Wiederholen Sie mit anderen hefebasierten Backwerken
*Vorsicht, Hefebasierte Getränke enthalten oft das Zellgift Ethylalkohol!!

DNA Sequencing : You're Invited!

DNA extraction was performed in the lab of Mario Mörl (Biochemistry)

You are welcome to join us to see the DNA Sequencing: Fr. 11.01.2019, at 11:00. Tentatively in room R109.

Workflow

  • Data statistics and quality control of sequencing reads.
  • "Educated guess" of the genomes present in the reads. These genomes will be used for mapping the reads.
  • Read mapping and extensive analysis of the metagenomic samples.
  • Using ready-made tools for metagenomics analysis.
  • Genome assembly. (Time-permitting.)

News

  • Am Montag den 3. Dezember (dies academicus) findet keine Übung statt.

Übersicht der Vorlesungen

VLDatumRaumUhrzeitThema
VL 115.10.18 R 109 10:15
ÜB 115.10.18 R 006 17:15
VL 222.10.18 R 109 10:15
VL 329.10.18 R 109 10:15
ÜB 229.10.18 R 006 17:15
VL 405.11.18 R 109 10:15
ÜB 305.11.18 R 006 17:15
VL 512.11.18 R 109 10:15
ÜB 412.11.18 R 006 17:15
VL 619.11.18 R 109 10:15
ÜB 519.11.18 R 006 17:15
VL 726.11.18 R 109 10:15
ÜB 626.11.18 R 006 17:15
VL 810.12.18 R 109 10:15
ÜB 710.12.18 R 006 17:15
VL 917.12.18 R 109 10:15
ÜB 817.12.18 R 006 17:15

Seminar/Übung

Linux onna stick iso

Youtube-tutorials fuer den Linux terminal (Sinnvoll fuer Anfaenger und Insomniageplagte)

Sinnvoll sind auch sogenannte "Cheat sheets"

Python

Python cheat sheet: Python For Beginners Python Documentation Entwicklungsumgebungen Biopython

Im internet nach alternativen suchen

Literatur

ClustalW
Muscle
T-Coffee
Boeckenhauer und Bongartz: Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik; Teubner, Wiesbaden; ISBN 3-519-00398-8
Durbin, Eddy, Krogh and Mitchison: Biological Sequence Analysis; Cambridge University Press; ISBN 0-521-62971-3
Wuenschiers: Wiley Schnellkurs Bioinformatik fuer Anwender; Wiley-VCH; ISBN: 978-3-527-53040-3