Fortgeschrittene Methoden in der Bioinformatik (10-INF-BIO4)
Thema: Orthology, gene tree - species tree reconciliation
Best Match Graphs, Geiss et alThemenübersicht der Vorlesungen
| VL | Datum | Raum | Uhrzeit | Thema |
|---|---|---|---|---|
| VL 01 | Fr 13.04.18 | R 109 | 14:00 | Biologischer Hintergrund, Best Match Graphs |
| VL 02 | Mo 16.04.18 | R 109 | 14:00 | Supertrees, Aho ``Build'' |
| VL 03 | Fr 20.04.18 | R 109 | 14:15 | |
| VL 04 | Mo 23.04.18 | R 109 | 14:00 | |
| VL 05 | Fr 27.04.18 | R 109 | 14:15 | |
| VL 06 | Fr 04.05.18 | R 109 | 14:15 | Besprechung von Ahos' Build |
Wichtig
ab 13.04.2018- Gruppen bis max. 3 Teilnehmer
- freie Wahl der Programmiersprache pro Gruppe
- dies ist kein Programmierkurs, sie sollten die Sprache der Wahl bereits beherrschen
- Schicken sie eine Liste der Gruppenmitglieder (maximal 3!) an choener@ mit Subject "Fortgeschrittene Methoden SS18: Gruppe"
- Kommentieren sie welche Codeteile von welcher Person implementiert wurden
Leistungskriterien
ab 13.04.2018- Pruefung
- Erklaerung des Sourcecode (durch jedes Gruppenmitglied!)
- numerische Resultate, ca. 3 Seiten Ergebnisse und Beschreibung
- Implementation: Aho ``Build'' (bis 04.05.2018!)
Plan
ab 04.05.2018- Aho als fingerubeung
- Generator fuer colored BMGs
(random tree mit N nodes, colored in S colors) - erst mal die connected 2-colored BMGs anschaen
- compute thinness classes & check the axioms (N1), (N2), (N3)
- if true, compute the R'(\alpha) and build the least resolved tree
- extract informative triples, run Aho
- check with this yields input tree again.
- compare results of both methods.
- dann die n-color version bauen
- combine connected components for each color pair
- Aho version for making the combined tree
- implement Fernandez-Baca algorithm and check whether it makes a difference
- have a look a real data
Literatur