Sequenzanalyse und Genomik (Modul 10-202-2207)
| Vorlesung: | Raum 109, Härtelstr. 16-18; Mo 10:15-12:15 Uhr | |
| Übung: | Raum 006, Härtelstr. 16-18; Mo 17:00-19:00 Uhr | |
| Praktikum: | Raum 109, Härtelstr. 16-18 Gruppe 1: 09.01.2017 - 20.01.2016 (Mo-Fr) Gruppe 2: 23.01.2017 - 03.02.2017 (Mo-Fr) Anmeldung | |
| Prüfung | Anmeldung Ort: Haertelstr. 16-18, Raum 309 (Bibliothek Bioinformatik) |
Themenübersicht der Vorlesungen
| VL | Datum | Raum | Uhrzeit | Thema |
|---|---|---|---|---|
| VL 01 | 10.10.16 | R 109 | 10:00 | Einführung Sequenzen/DNA |
| VL 02 | 17.10.16 | R 109 | 10:15 | Needleman-Wunsch, Smith-Waterman |
| VL 03 | 24.10.16 | R 109 | 10:15 | paarweise Alignmentvarianten, Gap-Kosten |
| VL 04 | 07.11.16 | R 109 | 10:15 | Formale Grammatiken und Alignments |
| VL 05 | 14.11.16 | R 109 | 10:15 | Formale Grammatiken und Alignments II, MSA |
| VL 06 | 21.11.16 | R 109 | 10:15 | MSA II, Blast |
| VL 07 | 28.11.16 | R 109 | 10:15 | Blast II, Phylogenie |
| VL 08 | 05.12.16 | R 109 | 10:15 | Phylogenie II |
| VL 09 | 12.12.16 | R 109 | 10:15 | Phylogenie III |
| VL 10 | 19.12.16 | R 109 | 10:15 | Phylogenie IV |
Praktikum
Das Praktikum findet wie folgt statt:
| Raum: | 109, Härtelstr. 16-18 |
| Zeit: | ganztägig, Kernzeit: 10-16Uhr |
| Datum: | Gruppe1: 09.01.2017 - 20.01.2017, Gruppe2: 23.01.2017 - 03.02.2017 |
Paper für das Praktikum:
Bitte VOR dem Praktikum durchlesen!!!
Einfuehrung in ATAC-Seq:
ATAC-Seq
RNA-Seq:
RNASeq-survey
Methylation:
Methylaltion
Chromatin Segmentations:
Chromatin Segmentation
Am 2. Tag des Praktikums werden von den Studierenden Kurzvortraege zu den 4 Themen gruppenweise gehalten werden.
Literatur
ClustalW
Muscle
T-Coffee
Boeckenhauer und Bongartz: Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik;
Teubner, Wiesbaden; ISBN 3-519-00398-8
Durbin, Eddy, Krogh and Mitchison: Biological Sequence Analysis;
Cambridge University Press; ISBN 0-521-62971-3
Wuenschiers: Wiley Schnellkurs Bioinformatik fuer Anwender; Wiley-VCH;
ISBN: 978-3-527-53040-3