Bioinformatik von RNA- und Proteinstrukturen (Modul 10-202-2208)
News
- Die Prüfungsanmeldung ist offen!
- Die Praktikumsliteratur ist online!
Prüfung
Die Prüfungsanmeldung ist offen. Jeder Prüfungstermin ist mit einer Stunden geplant und kann durch 3 Studenten gleichzeitig wahrgenommen werden.Prüfungstermine (nur zur Prüfung zugelassene Studierende)
| Datum | Uhrzeit | Teilnehmer | Teilnehmer | Teilnehmer |
|---|---|---|---|---|
| 21.7.2016 | 10:00 Uhr | 3281899 | 2659593 | |
| 21.7.2016 | 13:00 Uhr | 3725340 | 3713403 | |
| 22.7.2016 | 10:00 Uhr | 2226493 | 3717666 | 3729200 |
| 22.7.2016 | 11:00 Uhr | 3719419 | ||
| 8.8.2016 | 10:00 Uhr | 2867381 | 3742822 | 2869967 |
| 9.8.2016 | 10:00 Uhr | 3710588 | 3727771 | |
| 10.8.2016 | 11:00 Uhr | 3749985 | ||
| 18.8.2016 | 13:00 Uhr | 3749141 | 3709279 | |
| 25.8.2016 | 13:00 Uhr | 3752246 | 3708990 | 3740981 |
Registration
Hier regestrieren!Praktikum
Das Praktikum findet wie folgt statt:
| Raum: | 109, Härtelstr. 16-18 |
| Zeit: | ganztägig, Kernzeit: 10-15Uhr |
| Datum: | Gruppe1: 08.06.2016 - 21.06.2016, Gruppe2: 22.06.2016 - 05.07.2016, Endbesprechung: wird noch bekanntgegeben |
Literatur, die VOR Praktikumsbegin gelesen sein sollte:
- RNA-RNA Interaktionen vorhersagen: RNAplex und IntaRNA
- Virus-Host Interaktionen: Haasnoot et al. und Obbard et al.
Vorlesung
Bioinformatik von RNA- und Proteinstrukturen:
| Uhrzeit: | 10-12 Uhr und 17-19:30 | ||
| Vorlesung: | Raum 109, Härtelstr. 16-18 | Termine siehe Tabelle unten | |
| Übung: | Raum 006, Härtelstr. 16-18 | ||
| Prüfung | siehe oben |
| VL | Datum | Raum | Zeit | Material |
|---|---|---|---|---|
| VL 01 | 04.04.16 (Montag) | R 109 | 10:00 | |
| VL 02 | 04.04.16 (Montag) | R 109 | 17:00 | |
| VL 03 | 11.04.16 (Montag) | R 109 | 10:00 | |
| Ü 01 | 11.04.16 (Montag) | R 006 | 17:00 | |
| VL 04 | 18.04.16 (Montag) | R 109 | 10:00 | |
| VL 05 | 25.04.16 (Montag) | R 109 | 10:00 | |
| Ü 02 | 25.04.16 (Montag) | R 006 | 17:00 | nussinov.pl |
| VL 06 | 02.05.16 (Montag) | R 109 | 10:00 | |
| Ü 03 | 02.05.16 (Montag) | R 006 | 17:00 | |
| VL 07 | 09.05.16 (Montag) | R 109 | 10:00 | |
| Ü 04 | 09.05.16 (Montag) | R 006 | 17:00 | |
| VL 08 | 23.05.16 (Montag) | R 109 | 10:00 | |
| Ü 05 | 23.05.16 (Montag) | R 109 | 17:00 | |
| VL 09 | 30.05.16 (Montag) | R 109 | 10:00 | |
| VL 10 | 06.06.16 (Montag) | R 109 | 10:00 | |
| Ü 06 | 06.06.16 (Montag) | R 006 | 17:00 |
Literatur
Prediction of RNA secondary structure by free energy minimization
Evaluation of several lightweight stochastic context-free grammars for RNA secondary structure prediction - Dowell, Eddy
Dissertation von Ronny Lorenz
M. Höchsmann, T. Töller, R. Giegerich and S. Kurz (2003). Local
Similarity in RNA Secondary Structures. CSB '03 Proceedings of the
IEEE Computer Society Conference on Bioinformatics. S. 159.
G.Steger (2003).
Bioinformatik - Methoden zur Vorhersage von RNA- und Proteinstrukturen.
Birkhäuser. ISBN 3-7643-6951-5
R.Durbin, S.Eddy, A. Krogh & G.Mitchison (1998).
Biological sequence analysis.
Cambridge University Press. ISBN 0-521-62971-3
Nussinov, R., Piecznik, G., Griggs, J. R. & Kleitman, D. J. (1978).
Algorithms for loop matching.
SIAM J Appl Math, 35, 68-82.
Ivo L. Hofacker, Walter Fontana, Peter F. Stadler, L. Sebastian Bonhoeffer, Manfred Tacker, and Peter Schuster.
Fast Folding and Comparison of RNA Secondary Structures.
Monatsh.Chem. 125: 167-188 (1994).