Bioinformatik von RNA- und Proteinstrukturen


Praktikum

Das Praktikum wie folgt findet statt:

Raum:109, Härtelstr. 16-18
Zeit:ganztägig, Kernzeit: 10-15Uhr
Datum:30.06.-11.07.2014

Die 4 Studenten der Gruppe B kommen bitte am 14.07.14 10Uhr in die 3. Etage in die Bibliothek.

Das aktuelle Praktikumsprotokoll gibt es hier: Praktikumsablauf.pdf. ← Bitte VOR dem Praktikum durchlesen!!!

Vorlesung

Bioinformatik der RNA- und Proteinstrukturen (Vorlesung, Modul 10-202-2208):

Uhrzeit:10-12 Uhr
Vorlesung:Raum 109, Härtelstr. 16-18 Termine →
Übung:Raum 006, Härtelstr. 16-18
Praktikum: Raum 109, Härtelstr. 16-18
Gruppe A: 30.06.14-11.07.14 (Mo-Fr)
Gruppe B: 14.07.14-25.07.14 (Mo-Fr)
Prüfungmündl., Termine ab 30.07.14 nach Absprache
MontagFreitag
07.04.14 VL 11.04.14 VL
14.04.14 Ü 25.04.14 VL
28.04.14 Ü Brückentag
05.05.14 VL 09.05.14 VL
12.05.14 Ü 16.05.14 VL
19.05.14 Ü 23.05.14 VL
26.05.14 Ü Brückentag
Pfingstmontag 13.06.14 VL
16.06.14 Ü 20.06.14 VL
23.06.14 VL 27.06.14 VL

VLDatumMaterialThema
VL 0107.04.14 10-202-2208_VL01_a.pdf Organisatorisches, Einführung - Struktur von Biomoleküen
VL 0211.04.14 10-202-2208_VL01_b.pdf
Beispiel
Tafelabschrift 		Vorhersage von RNA Sekundärstruktur - MFE Folding
Ü 0114.04.14 Folien 01 Dateiformate, RNAfold
VL 0325.04.14 10-202-2208_VL02.pdf Partition function Folding
Ü 0228.04.14 RNAfold -p, Dotplot, Vergleich mit mfe Folding
VL 0405.05.14 10-202-2208_VL04a.pdf Proteinstrukturen
VL 0509.05.14 10-202-2208_VL05.pdf Faltungskinetik
Ü 0312.05.14 switches.zip - Riboswitch Beispiele
Barriers webserver 		Faltungskinetik, Energielandschaften, Umfaltbarrieren
VL 0616.05.14 10-202-2208_VL04.pdf Sequenz-/Strukturalignments
Ü 0419.05.14 RNAalifold, RNAforester, RNAdistance, locarne
VL 0723.05.14 10-202-2208_VL07.pdf RNA-RNA Interaktionen 1
Ü 0526.05.14
VL 0813.06.14
Ü 0616.06.14
VL 0920.06.14 10-202-2208_VL09.pdf RNA-RNA Interaktionen 2, Hoehere Dimensionen
VL 1023.06.14 entfällt!
VL 1127.06.14

Literatur

M. Höchsmann, T. Töller, R. Giegerich and S. Kurz (2003). Local Similarity in RNA Secondary Structures. CSB '03 Proceedings of the IEEE Computer Society Conference on Bioinformatics. S. 159.

G.Steger (2003). Bioinformatik - Methoden zur Vorhersage von RNA- und Proteinstrukturen. Birkhäuser. ISBN 3-7643-6951-5

R.Durbin, S.Eddy, A. Krogh & G.Mitchison (1998). Biological sequence analysis. Cambridge University Press. ISBN 0-521-62971-3

Nussinov, R., Piecznik, G., Griggs, J. R. & Kleitman, D. J. (1978). Algorithms for loop matching. SIAM J Appl Math, 35, 68-82.

Ivo L. Hofacker, Walter Fontana, Peter F. Stadler, L. Sebastian Bonhoeffer, Manfred Tacker, and Peter Schuster. Fast Folding and Comparison of RNA Secondary Structures. Monatsh.Chem. 125: 167-188 (1994).