Bioinformatisches Praktikum des Moduls 10-202-2208 (Bioinformatik von RNA- und Proteinstrukturen

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  • Praktikumsauswertung am 19.07.2013, 11:00Uhr, R109 Härtelstr. 16-18

Inhalt

RNA-sekundaerstrukturvorhersagealgorithmen haben Probleme mit der Vorhersage von Strukturen grosser RNA Molekuele. Das liegt vor allem an den langreichweitigen Basenpaaren, die weit haeufiger vorhergesagt werden, als sie auftreten. Wir wollen untersuchen, welche Typen von Fehlern konkret auftauchen, sowie Loesungsstrategien wie in CoFold finden bzw evaluieren. Dazu benoetigen wir ein Set von bekannten Strukturen langer RNA Molekuele. Quellen hierfuer sind Rfam oder die RNAstrand Datenbank.

Organisation

Bioinformatik von RNA- und Proteinstrukturen (Praktikum, Modul 10-202-2208):
01.07.2013 - 12.07.2013, R 109, Härtelstr. 16-18

Literatur

Proctor and Meyer: CoFOLD: an RNA secondary structure prediction method that takes co-transcriptional folding into account NAR (2013)
Lange et al.: Global or local? Predicting secondary structure and accessibility in mRNAs NAR (2012)

Software

R-chie Visualization of RNA secondary structures
Vienna RNA Package RNA secondary structure prediction
CoFold
Rfold