Bioinformatics Leipzig

Manuela Marz, Toralf Kirsten, Peter F. Stadler

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Overview

Databases used for this work
Query sequences for Prediction of snRNAs
Predicted snRNAs (verified by sequence similarities, secondary structure, promoter region)
Predicted snRNAs based exclusively on sequence homology (contains pseudogenes) and their upstream regions (100nt)
Secondary structures (can be viewed with emacs ralee mode)
Phylogenetic networks

Databases used for this work

Organism	Source	Version	Release	Kind	Download
Homo sapiens	NCBI 36	2	September 2006	Chromosomes	Download link
Pan troglodytes	UCSC	panTro1	November 2004	Chromosomes	Download link
Bos taurus	Ensembl	3.1	July 2007	Chromosomes	Download link
Canis familiaris	Ensembl	CanFam 2.0	July 2007	Chromosomes	Download link
Rattus norvegicus	UCSC	rn3	June 2003	Chromosomes	Download link
Mus musculus	UCSC	mm3,Build 33	May 2004	Chromosomes	Download link
Monodelphis doemstica	Ensembl	monDom5	July 2007	Chromosomes	Download link
Ornithorhynchus anatinus	Ensembl	5.0	July 2007	Chromosomes	Download link
Anolis carolinensis	NCBI		March 2007	Traces	Download link
Taeniopygia guttata	NCBI		March 2007	Traces	Download link
Gallus gallus	UCSC	galGal3	May 2006	Chromosomes	Download link
Xenopus tropicalis	UCSC	xenTro2	August 2005	Scaffolds	Download link
Tetraodon nigroviridis	UCSC	tetNig1	February 2004	Chromosomes	Download link
Fugu rubripes	JGI	v4.0	October 2004	Scaffolds	Download link
Gasterostreus aculeatus	UCSC	gasAcu1	February 2006	Chromosomes	Download link
Oryzias latipes	Ensembl	46	September 2007	Chromosomes	Download link
Danio rerio	Ensembl	47	October 2007	Chromosomes	Download link
Petromyzon marinus	Ensembl		November 2007	Traces	Download link
Branchiostoma floridae	JGI	1.0	December 2006	Scaffolds	Download link
Oikopleura dioica	NCBI		July 2004	Traces	Download link
Ciona intestinalis	JGI	2.0	July 2005	Scaffolds	Download link
Ciona savignyi	Broad Inst.		April 2003	Scaffolds	Download link
Saccoglossus kowalevskii	Ensembl		October 2007	Traces	Download link
Strongylocentrotus purpuratus	HGSC	Spur2.1	September 2006	Scaffolds	Download link
Drosophila yakuba	CAF1		October 2006	Chromosomes	Download link
Drosophila willistoni	CAF1		October 2006	Chromosomes	Download link
Drosophila virilis	CAF1		October 2006	Chromosomes	Download link
Drosophila simulans	CAF1		October 2006	Chromosomes	Download link
Drosophila pseudoobscura	CAF1		October 2006	Chromosomes	Download link
Drosophila persimilis	CAF1		October 2006	Chromosomes	Download link
Drosophila mojavensis	CAF1		October 2006	Chromosomes	Download link
Drosophila erecta	CAF1		October 2006	Chromosomes	Download link
Drosophila ananassae	CAF1		October 2006	Chromosomes	Download link
Drosophila melanogaster	CAF1		October 2006	Chromosomes	Download link
Anopheles gambiae	UCSC	MOZ2	February 2003	Chromosomes	Download link
Tribolium castaneum	HGSC	1.0	January 2005	Traces	Download link
Bombyx mori	BGI		October 2003	Scaffolds	Download link
Apis mellifera	HGSC	2.0	January 2005	Scaffolds	Download link
Acyrthosiphum pisum	Ensembl		February 2007	Traces	Download link
Ixodes scapularis	Ensembl		February 2007	Traces	Download link
Nasonia vitripennis	HGSC	0.5	July 2006	Contigs	Download link
Pediculus humanus	Ensembl		November 2007	Traces	Download link
Daphnia pulex	Ensembl		June 2007	Traces	Download link
Caenorhabditis briggsae	Wustl	1.0	January 2007	Chromosomes	Download link
Caenorhabditis elegans	Wormbase	WS183	November 2007	Chromosomes	Download link
Caenorhabditis brenneri	Wustl	4.0	January 2007	Contigs	Download link
Caenorhabditis japonica	Ensembl		April 2007	Traces	Download link
Caenorhabditis remanei	Wustl	15.0.1	July 2007	Contigs	Download link
Pristionchus pacificus	Ensembl		June 2007	Traces	Download link
Trichinella spiralis	Ensembl		June 2007	Traces	Download link
Brugia malayi	Ensembl		November 2006	Traces	Download link
Heterorhabditis bacteriophora	Ensembl		August 2007	Traces	Download link
Helobdella robusta	JGI	1.0	April 2007	Scaffolds	Download link
Capitella capitata	JGI	1.0	August 2007	Scaffolds	Download link
Aplysia californica	Ensembl		October 2007	Traces	Download link
Euprymna scolopes	Ensembl		November 2007	Traces	Download link
Porites lobata	Ensembl		June 2007	Traces	Download link
Biomphalaria glabrata	Ensembl		July 2007	Traces	Download link
Lottia gigantea	Ensembl		June 2007	Traces	Download link
Spisula solidissima	Ensembl		October 2006	Traces	Download link
Cerebratulus lacteus	Ensembl		October 2006	Traces	Download link
Schmidtea mediterannea	Wustl	3.1	October 2006	Contigs	Download link
Schistosoma mansoni	Sanger	3.1	August 2006	Scaffolds	Download link
Acropora palmata	Ensemble		June 2007	Traces	Download link
Acropora millepora	Ensemble		June 2007	Traces	Download link
Hydra magnipapillata	Ensemble		November 2007	Traces	Download link
Nematostella vectensis	JGI	1.0	May 2007	Scaffolds	Download link
Trichoplax adhaerens	JGI	1.0	December 1007	Scaffolds	Download link
Reniera spec.	Ensemble		May 2007	Traces	Download link
Monosiga brevicollis	JGI	1.0	June 2007	Scaffolds	Download link

Query sequences for Prediction of snRNAs

U1.fa
U2.fa
U4.fa
U5.fa
U6.fa
U11.fa
U12.fa
U4atac.fa
U6atac.fa

Predicted snRNAs (verified by sequence similarities, secondary structure, promoter region)

*.bl Blast file of snRNAs with chromosome, strand, start/stop position
*.fa fasta sequence of snRNAs
up.*.fa upstream region of snRNAs

Predicted snRNAs based exclusively on sequence homology (contains pseudogenes) and their upstream regions (100nt)

*.bl Blast file of snRNAs with chromosome, strand, start/stop position
*.fa upstream region of snRNAs

Species	U1	U2	U4	U5	U6	U11	U12	U4atac	U6atac
M. brevicollis	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 1-4	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) -
Reniera sp	(*.bl) (*.fa) 0-29	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-27	(*.bl) (*.fa) 0-23	(*.bl) (*.fa) 11-41	(*.bl) (*.fa) 0-20	(*.bl) (*.fa) 0-15	(*.bl) (*.fa) 0	(*.bl) (*.fa) 7-17
T. adhaerens	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 0-7	(*.bl) (*.fa) 1-5
N. vectensis	(*.bl) (*.fa) 0-5	(*.bl) (*.fa) 10-26	(*.bl) (*.fa) 1-114	(*.bl) (*.fa) 16-246	(*.bl) (*.fa) 25-36	(*.bl) (*.fa) 2-3	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 3
H. magnipapillata	(*.bl) (*.fa) 0-?	(*.bl) (*.fa) 0-?	(*.bl) (*.fa) 0-105	(*.bl) (*.fa) 0-?	(*.bl) (*.fa) 0-?	(*.bl) (*.fa) 0-4	(*.bl) (*.fa) 0-19	(*.bl) (*.fa) 0-6	(*.bl) (*.fa) 0-20
A. millepora	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-4	(*.bl) (*.fa) 0-6	(*.bl) (*.fa) 0-6	(*.bl) (*.fa) 4-6	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0	(*.bl) (*.fa) 0	(*.bl) (*.fa) 0
A. palmata	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 0	(*.bl) (*.fa) 0	(*.bl) (*.fa) 0	(*.bl) (*.fa) 0
S. mansoni	(*.bl) (*.fa) 15-57	(*.bl) (*.fa) 6-23	(*.bl) (*.fa) 0-19	(*.bl) (*.fa) 0-17	(*.bl) (*.fa) 0-86	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 2-4	(*.bl) (*.fa) 0-8	(*.bl) (*.fa) 0-2
S. mediterannea	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0	(*.bl) (*.fa) 0-9	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 1-9	(*.bl) (*.fa) 0	(*.bl) (*.fa) 0	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0
C. lacteus	(*.bl) (*.fa) 0-5	(*.bl) (*.fa) 0-11	(*.bl) (*.fa) 0-8	(*.bl) (*.fa) 0-13	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-4	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 0-2
S. solidissima	(*.bl) (*.fa) 0-6	(*.bl) (*.fa) 0-14	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 0-8	(*.bl) (*.fa) 0	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 0-6	(*.bl) (*.fa) 0-1
L. gigantea	(*.bl) (*.fa) 0-48	(*.bl) (*.fa) 2-?	(*.bl) (*.fa) 0-145	(*.bl) (*.fa) 0-?	(*.bl) (*.fa) 0-?	(*.bl) (*.fa) 0-26	(*.bl) (*.fa) 0-6	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-21
B. glabrata	(*.bl) (*.fa) 0-11	(*.bl) (*.fa) 3-6	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 0-9	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 0-6	(*.bl) (*.fa) -
P. lobata	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 2-4	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-4	(*.bl) (*.fa) -	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 0-5	(*.bl) (*.fa) 0-10	(*.bl) (*.fa) 0-2
E. scolopes	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 0-70	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 0-8	(*.bl) (*.fa) 0-4	(*.bl) (*.fa) 0-8	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 0-14	(*.bl) (*.fa) 0-1
A. californica	(*.bl) (*.fa) 0-?	(*.bl) (*.fa) 250-?	(*.bl) (*.fa) 0-40	(*.bl) (*.fa) 0-?	(*.bl) (*.fa) 1-90	(*.bl) (*.fa) 0-6	(*.bl) (*.fa) 0-10	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 0-1
C. capitata	(*.bl) (*.fa) 0-17	(*.bl) (*.fa) 0-30	(*.bl) (*.fa) 0-31	(*.bl) (*.fa) 0-19	(*.bl) (*.fa) 6-27	(*.bl) (*.fa) 0-6	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-1
H. robusta	(*.bl) (*.fa) 0-32	(*.bl) (*.fa) 0-160	(*.bl) (*.fa) 0-87	(*.bl) (*.fa) 0-89	(*.bl) (*.fa) 1-48	(*.bl) (*.fa) -	(*.bl) (*.fa) 0-11	(*.bl) (*.fa) 0-13	(*.bl) (*.fa) 0-14
H. bacteriophora	(*.bl) (*.fa) 0-12	(*.bl) (*.fa) 0-12	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-14	(*.bl) (*.fa) 2	(*.bl) (*.fa) 0-5	(*.bl) (*.fa) 0-7	(*.bl) (*.fa) -	(*.bl) (*.fa) 0-1
B. malayi	(*.bl) (*.fa) 1-120	(*.bl) (*.fa) 1-152	(*.bl) (*.fa) 0-47	(*.bl) (*.fa) 0-104	(*.bl) (*.fa) 0-63	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) -
T. spiralis	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 1-75	(*.bl) (*.fa) 0-49	(*.bl) (*.fa) 0-95	(*.bl) (*.fa) 0-47	(*.bl) (*.fa) -	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-36	(*.bl) (*.fa) 0-41
P. pacificus	(*.bl) (*.fa) 0-?	(*.bl) (*.fa) 0-?	(*.bl) (*.fa) 0-?	(*.bl) (*.fa) 0-?	(*.bl) (*.fa) 1-?	(*.bl) (*.fa) 0-4	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) -
C. brenneri	(*.bl) (*.fa) 2-19	(*.bl) (*.fa) 16-23	(*.bl) (*.fa) 11	(*.bl) (*.fa) 3-20	(*.bl) (*.fa) 30	(*.bl) (*.fa) 0-9	(*.bl) (*.fa) 0-6	(*.bl) (*.fa) 0-9	(*.bl) (*.fa) 0-2
C. remanei	(*.bl) (*.fa) 2-16	(*.bl) (*.fa) 3-12	(*.bl) (*.fa) 4-8	(*.bl) (*.fa) 3-15	(*.bl) (*.fa) 20	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 0-5	(*.bl) (*.fa) 0-6	(*.bl) (*.fa) 0-2
C. japonica	(*.bl) (*.fa) 6-99	(*.bl) (*.fa) 21-?	(*.bl) (*.fa) 4-31	(*.bl) (*.fa) 4-96	(*.bl) (*.fa) 85-?	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 0-20	(*.bl) (*.fa) 0-17
C. elegans	(*.bl) (*.fa) 1-11	(*.bl) (*.fa) 9-20	(*.bl) (*.fa) 4-5	(*.bl) (*.fa) 1-12	(*.bl) (*.fa) 22	(*.bl) (*.fa) 0-40	(*.bl) (*.fa) 0-38	(*.bl) (*.fa) 0-15	(*.bl) (*.fa) 0-17
C. briggsae	(*.bl) (*.fa) 1-9	(*.bl) (*.fa) 3-13	(*.bl) (*.fa) 4	(*.bl) (*.fa) 10	(*.bl) (*.fa) 18-34	(*.bl) (*.fa) 0-59	(*.bl) (*.fa) 0-53	(*.bl) (*.fa) 0-149	(*.bl) (*.fa) 0-13
D. pulex	(*.bl) (*.fa) 0-10	(*.bl) (*.fa) 0-8	(*.bl) (*.fa) 0-4	(*.bl) (*.fa) 0-9	(*.bl) (*.fa) 0-?	(*.bl) (*.fa) 0-8	(*.bl) (*.fa) 0-11	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 0-6
P. humanus	(*.bl) (*.fa) 0-13	(*.bl) (*.fa) 9-18	(*.bl) (*.fa) 0-5	(*.bl) (*.fa) 0-27	(*.bl) (*.fa) 3-6	(*.bl) (*.fa) 0-6	(*.bl) (*.fa) 0-16	(*.bl) (*.fa) -	(*.bl) (*.fa) 0-14
N. vitripennis	(*.bl) (*.fa) 7	(*.bl) (*.fa) 4-13	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 5	(*.bl) (*.fa) 5	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 3
I. scapularis	(*.bl) (*.fa) 6	(*.bl) (*.fa) 3-21	(*.bl) (*.fa) 1-19	(*.bl) (*.fa) 1-26	(*.bl) (*.fa) 18-28	(*.bl) (*.fa) -	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) -	(*.bl) (*.fa) 2
A. pisum	(*.bl) (*.fa) 1-3	(*.bl) (*.fa) 3-5	(*.bl) (*.fa) -	(*.bl) (*.fa) 2-3	(*.bl) (*.fa) 4	(*.bl) (*.fa) 0-8	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 0-61	(*.bl) (*.fa) 0-1
A. mellifera	(*.bl) (*.fa) 1-5	(*.bl) (*.fa) 1-5	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 1-4	(*.bl) (*.fa) 1-7	(*.bl) (*.fa) 0-8	(*.bl) (*.fa) 1
B. mori	(*.bl) (*.fa) 5-7	(*.bl) (*.fa) 3-26	(*.bl) (*.fa) 2-4	(*.bl) (*.fa) 4-11	(*.bl) (*.fa) 6-29	(*.bl) (*.fa) 1-5	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 0-9	(*.bl) (*.fa) 1-4
T. castaneum	(*.bl) (*.fa) 2-5	(*.bl) (*.fa) 3-5	(*.bl) (*.fa) 2	(*.bl) (*.fa) 2-8	(*.bl) (*.fa) 3-5	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-2	(*.bl) (*.fa) 1
A. gambiae	(*.bl) (*.fa) 3-7	(*.bl) (*.fa) 8-17	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 5-9	(*.bl) (*.fa) 2-6	(*.bl) (*.fa) 2	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 2-8
D. melanogaster	(*.bl) (*.fa) 5	(*.bl) (*.fa) 7-9	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 7	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 2	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 1
D. ananassae	(*.bl) (*.fa) 2-9	(*.bl) (*.fa) 7-8	(*.bl) (*.fa) 2	(*.bl) (*.fa) 4	(*.bl) (*.fa) 2	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1
D. erecta	(*.bl) (*.fa) 8	(*.bl) (*.fa) 9-10	(*.bl) (*.fa) 3-4	(*.bl) (*.fa) 7-9	(*.bl) (*.fa) 7-8	(*.bl) (*.fa) 1-3	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1
D. grimshawi	(*.bl) (*.fa) 7	(*.bl) (*.fa) 7-12	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 7	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 2
D. mojavensis	(*.bl) (*.fa) 6-12	(*.bl) (*.fa) 8	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 6-8	(*.bl) (*.fa) 3-5	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1
D. persimilis	(*.bl) (*.fa) 7	(*.bl) (*.fa) 7-10	(*.bl) (*.fa) 3-4	(*.bl) (*.fa) 7-8	(*.bl) (*.fa) 3-4	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1
D. pseudoobscura	(*.bl) (*.fa) 7	(*.bl) (*.fa) 7-9	(*.bl) (*.fa) 3-4	(*.bl) (*.fa) 6-7	(*.bl) (*.fa) 3-4	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1
D. sechellia	(*.bl) (*.fa) 7	(*.bl) (*.fa) 7-11	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 7-9	(*.bl) (*.fa) 5	(*.bl) (*.fa) 1-3	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1-3	(*.bl) (*.fa) 1
D. simulans	(*.bl) (*.fa) 7	(*.bl) (*.fa) 7-8	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 7-9	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1-3	(*.bl) (*.fa) 1
D. virilis	(*.bl) (*.fa) 6	(*.bl) (*.fa) 8-9	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 6	(*.bl) (*.fa) 5-6	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 2	(*.bl) (*.fa) 1
D. willistoni	(*.bl) (*.fa) 8-19	(*.bl) (*.fa) 10-21	(*.bl) (*.fa) 3-7	(*.bl) (*.fa) 8-11	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 1-4	(*.bl) (*.fa) 1-3	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 0
D. yakuba	(*.bl) (*.fa) 11	(*.bl) (*.fa) 4-8	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 4	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 1
S. purpuratus	(*.bl) (*.fa) 5-35	(*.bl) (*.fa) 10-37	(*.bl) (*.fa) 15	(*.bl) (*.fa) 0-59	(*.bl) (*.fa) 3-16	(*.bl) (*.fa) 1-4	(*.bl) (*.fa) 1-3	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 2-5
S. kowalevski	(*.bl) (*.fa) 1-?	(*.bl) (*.fa) 8-?	(*.bl) (*.fa) 1-?	(*.bl) (*.fa) 1-?	(*.bl) (*.fa) 10-?	(*.bl) (*.fa) 0-48	(*.bl) (*.fa) 0-36	(*.bl) (*.fa) -	(*.bl) (*.fa) 3-10
C. savignyi	(*.bl) (*.fa) 2-?	(*.bl) (*.fa) 2-?	(*.bl) (*.fa) 3-?	(*.bl) (*.fa) 0-?	(*.bl) (*.fa) 0-?	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1
C. instestinalis	(*.bl) (*.fa) 1-8	(*.bl) (*.fa) 1-7	(*.bl) (*.fa) 1-7	(*.bl) (*.fa) 3-80	(*.bl) (*.fa) 3-34	(*.bl) (*.fa) 2-3	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1
O. dioica	(*.bl) (*.fa) 1-5	(*.bl) (*.fa) 1-50	(*.bl) (*.fa) 1-18	(*.bl) (*.fa) 5-47	(*.bl) (*.fa) 0-38	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-16	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) -
B. floridae	(*.bl) (*.fa) 5-26	(*.bl) (*.fa) 7-18	(*.bl) (*.fa) 4-22	(*.bl) (*.fa) 0-22	(*.bl) (*.fa) 4-11	(*.bl) (*.fa) 2	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) -	(*.bl) (*.fa) 1-2
P. marinus	(*.bl) (*.fa) 1-?	(*.bl) (*.fa) 4-?	(*.bl) (*.fa) 1-?	(*.bl) (*.fa) 1-?	(*.bl) (*.fa) 1-?	(*.bl) (*.fa) 0-3	(*.bl) (*.fa) 15-29	(*.bl) (*.fa) >0-1	(*.bl) (*.fa) 15-17
D. rerio	(*.bl) (*.fa) 2-?	(*.bl) (*.fa) 4-64	(*.bl) (*.fa) 2-3	(*.bl) (*.fa) 2-7	(*.bl) (*.fa) 4-?	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 2-3
O. latipes	(*.bl) (*.fa) 2-8	(*.bl) (*.fa) 3-5	(*.bl) (*.fa) 1-7	(*.bl) (*.fa) 0-12	(*.bl) (*.fa) 0-9	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1
G. aculeatus	(*.bl) (*.fa) 3-7	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 4	(*.bl) (*.fa) 6-7	(*.bl) (*.fa) 2-3	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1
F. rubripes	(*.bl) (*.fa) 5-10	(*.bl) (*.fa) 9-15	(*.bl) (*.fa) 3-8	(*.bl) (*.fa) 0-18	(*.bl) (*.fa) 5-6	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 2
T. nigroviridis	(*.bl) (*.fa) 2-11	(*.bl) (*.fa) 2-5	(*.bl) (*.fa) 2	(*.bl) (*.fa) 0-7	(*.bl) (*.fa) 2-12	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-1
X. tropicalis	(*.bl) (*.fa) 11-66	(*.bl) (*.fa) 5-39	(*.bl) (*.fa) 2-41	(*.bl) (*.fa) 31-63	(*.bl) (*.fa) 12-22	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 4-9	(*.bl) (*.fa) 1-5	(*.bl) (*.fa) 2
G. gallus	(*.bl) (*.fa) 3-5	(*.bl) (*.fa) 0-9	(*.bl) (*.fa) 2-4	(*.bl) (*.fa) 6-13	(*.bl) (*.fa) 4-6	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 3-5
T. guttata	(*.bl) (*.fa) 10-29	(*.bl) (*.fa) 4-20	(*.bl) (*.fa) 1-6	(*.bl) (*.fa) 11-19	(*.bl) (*.fa) 6-14	(*.bl) (*.fa) 2-3	(*.bl) (*.fa) 2	(*.bl) (*.fa) 0-15	(*.bl) (*.fa) 1-5
A. carolinensis	(*.bl) (*.fa) 1-?	(*.bl) (*.fa) 1-?	(*.bl) (*.fa) 3-12	(*.bl) (*.fa) 1-?	(*.bl) (*.fa) 1-?	(*.bl) (*.fa) 0-7	(*.bl) (*.fa) 0-13	(*.bl) (*.fa) 0-14	(*.bl) (*.fa) 3-4
O. anatinus	(*.bl) (*.fa) 3-59	(*.bl) (*.fa) 4-10	(*.bl) (*.fa) 3	(*.bl) (*.fa) 0-6	(*.bl) (*.fa) 6-49	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 2	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 3-36
M. domestica	(*.bl) (*.fa) 15-19	(*.bl) (*.fa) 3-14	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 1-7	(*.bl) (*.fa) 5-24	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 1-3	(*.bl) (*.fa) 2-21
M. musculus	(*.bl) (*.fa) 5-29	(*.bl) (*.fa) 4-19	(*.bl) (*.fa) 2-5	(*.bl) (*.fa) 2-11	(*.bl) (*.fa) 33	(*.bl) (*.fa) 1-5	(*.bl) (*.fa) 1-3	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-6
R. norvegicus	(*.bl) (*.fa) 5-28	(*.bl) (*.fa) 9-32	(*.bl) (*.fa) 1-6	(*.bl) (*.fa) 1-11	(*.bl) (*.fa) 1-38	(*.bl) (*.fa) 2-7	(*.bl) (*.fa) 2-3	(*.bl) (*.fa) 0-1	(*.bl) (*.fa) 0-16
C. familiaris	(*.bl) (*.fa) 5-23	(*.bl) (*.fa) 10-35	(*.bl) (*.fa) 1-7	(*.bl) (*.fa) 1-11	(*.bl) (*.fa) 1-?	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 1-4	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 1-4
B. taurus	(*.bl) (*.fa) 3-46	(*.bl) (*.fa) 1-30	(*.bl) (*.fa) 2-10	(*.bl) (*.fa) 2-7	(*.bl) (*.fa) 1-?	(*.bl) (*.fa) 1-4	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 1	(*.bl) (*.fa) 1-12
P. tropicalis	(*.bl) (*.fa) 4-16	(*.bl) (*.fa) 3-17	(*.bl) (*.fa) 3-25	(*.bl) (*.fa) 3-18	(*.bl) (*.fa) 10-?	(*.bl) (*.fa) 1-5	(*.bl) (*.fa) 1-2	(*.bl) (*.fa) 1-7	(*.bl) (*.fa) 1-9
H. sapiens	(*.bl) (*.fa) 10-35	(*.bl) (*.fa) 2-17	(*.bl) (*.fa) 2-16	(*.bl) (*.fa) 2-7	(*.bl) (*.fa) 24-?	(*.bl) (*.fa) 1-8	(*.bl) (*.fa) 2-3	(*.bl) (*.fa) 1-16	(*.bl) (*.fa) 2-8

Secondary structures (can be viewed with emacs ralee mode)

Group	U1	U2	U4	U5	U6	U11	U12	U4atac	U6atac
Tetrapoda	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)
Teleosts	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)
Basal Deuterostomes	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)
Crustaceas, Insects	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)
Nematods, Annelids	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)
Outside	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)
ALL	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)	(*.stk)

Phylogenetic networks

PG--Paralogous Groups

Clade	U1		U2		U4		U5		U6
Annelids	-	(*.aln) (*.nxs)	-	(*.aln) (*.nxs)	-	(*.aln)	-	(*.aln) (*.nxs) (*.eps)	=	(*.aln)
Nematods	-		-		-		-		=
Caenorhabditis	-		-		-		PG		=
Insects	-	(*.aln) (*.nxs) (*.eps)	-	(*.aln) (*.nxs)	-	(*.aln) (*.nxs) (*.eps)	-	(*.aln) (*.nxs) (*.eps)	=	(*.aln)
Drosophilids	PG?		-		PG		PG		=
Basal Deuterostomes	-	(*.aln)	-	(*.aln)	-	(*.aln)	-	(*.aln)	-	(*.aln)
Teleosts	-	(*.aln)	PG	(*.aln) (*.nxs) (*.eps)	PG	(*.aln) (*.nxs) (*.eps)	PG	(*.aln) (*.nxs) (*.eps)	-	(*.aln)
Tetrapoda	-	(*.aln)	-	(*.aln)	-	(*.aln)	-	(*.aln) (*.nxs) (*.eps)	-	(*.aln) (*.nxs)
Mammalia	-		-		-		PG		-