Einleitung

Der Monarchfalter ist eine sehr berühmte Spezies, die durch seine eindrucksvolle jährliche Migration von Nordamerika nach Mexiko bekannt geworden ist. In unseren Teil des Praktikums untersuchten wir die snoRNA's. Dabei interessierte uns das Vorkommen bestimmter snoRNA's in den zwei uns zur Verfügung stehenden Genomannotationen des Monarchfalters.

Die snoRNAs in Danaus plexippus wurden mit Hilfe des snoStrip-Webservers festgestellt:
http://snostrip.bioinf.uni-leipzig.de/index.py

Überblick snoRNA

small non-coding RNA's, welche im Zellkern lokalisiert sind
spielen eine essentielle Rolle in der Verarbeitung und Modifizierung von rRNAs und anderer ncRNA
basierend auf den Sequenzmotiven und der Sekundärstruktur werden sie in 2 Gruppen unterteilt:

C oder D Box: C-Box (RTGATGA) und D-Box (CTGA)
H/ACA: H-Box (ANANNA) und ACA-Box (ACA)

beide Boxen sind in der Methylierung und Pseudouridylierung von rRNA-Nukleotiden beteiligt

Fig.1: Darstellung der C/D und H/ACA Boxen. Referenz: "Mutagenetix"

Zellfunktionen von snoRNAs
2'-O-Methylierung und Pseudouridilierung

die C/D Boxen sind für die 2'-O-Methylierung der pre-rRNA verantwortlich
die H/ACA Boxen sind für die Pseudourilierung der pre-rRNA verantwortlich
basierend auf der Sequenzkomplementarität bindet die snoRNA an den zu modifizierenden rRNA loci
die Nukleotidveränderungen sind hauptsächlich im Bereich Zellwachstum und Zellüberleben zuständig
snoRNA's modifizieren zusätzlich snRNA's und tRNA's

Fig.2: Darstellung der 2-'O'-Mehtylierung und der Pseudouridilierung. Referenz: "mcmanus lab"

Praktikum Sequenzanalyse der Danaus plexippus snoRNA

Einleitung

Überblick snoRNA

Zellfunktionen von snoRNAs 2'-O-Methylierung und Pseudouridilierung

Zellfunktionen von snoRNAs
2'-O-Methylierung und Pseudouridilierung