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Bioinformatik-Praktikum
Modul Nukleinsäuren
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Links
Empfohlene Programme
Hilfreiche Programme zur Realisierung unserer Aufgabenstellung:
- Alignment-Programme
- ClustalW
- Standardprogramm zur Berechnung progressiver paarweiser/multipler Alignments.
- ClustalX
- Fensterbasierte Version des ClustalW mit Cut/Paste Unterstützung.
- Code2aln
- Verwendet andere Algorithmen als ClustalW und kann unter Umständen bessere Ergebnisse als ClustalW liefern.
- Dialign2
- Weitere Alignment-Implementation speziell für Sequenzen, die lokale Ähnlichkeiten aufweisen, geeignet; Sehr rechenintensiv.
- Phylogenien
- Phylip
- Präsentiert stammesgeschichtliche Beziehungen in Baumform
- Splitstree
- Gut geeignet um Phylogenien schnell und unkompliziert als Baum zu visualisieren.
- RNA-Strukturvorhersage
- Vienna RNA Package
- Programmbibliothek zur Vorhersage und zum Vergleich von RNA Sekundärstrukturen.
- Skripte
- aln2nex.pl
- Wandelt ALignments im aln Format zur Weiterverarbeitung mit Splitstree in das Nexus Format um.
Datenbanken und Szeneseiten
- NCBI: National Center for Biotechnology Information
- ICTVdB
- Mit Hilfe der Universal Virus Database of the International Committee on Taxonomy of Viruses entschieden wir uns zur Untersuchung von Betaretroviren
- Nucleotide
- Lieferte Nucleotideinträge und geeignete Sequenz- informationen
- PubMed
- Datenbankgestützte Literatursuche