mir-61 Cluster

Das mir-61 Cluster besteht aus den zwei Familien mir-61 und mir-250. Beide wurden nur in mehreren Genomen von Caenorhaditis lokalisiert. Die Cluster in Caenorhabditis elegans und Caenorhabditis briggsae sind bereits in der mirBase annotiert gewesen und wurden mit Hilfe von Blast auch dort wieder gefunden. Zusätzlich wurde das Cluster noch in Caenorhabditis brenneri (cbn), Caenorhabditis japonica (cja), Caenorhabditis novel (cno) sowie in Caenorhabditis remanei (cre) lokalisiert. Allerdings konnte in Caenorhabditis japonica nur die Familie mir-250 entdeckt werden. Diese Familie ist in Caenorhabditis japonica höchstwahrscheinlich verloren gegangen, da sie sich etwa 2000 nt vor dem Ende des Contigs befindet.
Die Datei mit Sequenzen mit genomischen Positionen sowie die evolutionären Bäume der einzelnen Familien sowie des gesamten Clusters sind hier verfügbar:

Fasta von mir-61 | Baum von mir-61

Fasta von mir-250 | Baum von mir-250

Fasta des mir-61 Clusters | Baum des mir-61 Clusters

Abbildung: Aufbau des mir-61 Clusters
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Die Rekonstruktion der evolutionären Geschichte ist in diesem Fall nicht eindeutig möglich, da sich die Organismen alle in der gleichen Gruppe befinden. Man kann nur die Aussage treffen, dass die Genome von Caenorhabditis brenneri und Caenorhabditis novel sehr nah verwandt sind. Die Reihenfolge der Familien innerhalb des Clusters ist nicht aussagekräftig, da die Annotierung des plus- bzw. des minus-Stranges willkürlich erfolgt, solange keine Referenzgene oder zirkuläre Erbmaterialien vorliegen. Eine Konservierung über diese Gruppe hinweg konnte nicht entdeckt werden. Es handelt sich somit um eine microRNA, welche höchstwahrscheinlich wurmspezifische Entwicklungsprozesse steuert und deshalb in keiner anderen Organismengruppe wiedergefunden werden konnte. Ein von der Tarbase genanntes Ziel ist z.B. das Gen vav-1, welches auf die Translationshemmung des dazugehörigen Proteins vav-1 einwirkt. In dem Paper von Norman et al. wird das Protein vav-1 als Rho/Rac-Family guanine nucleotide exchange factor funktionell eingeordnet [4]. Es soll dabei in Caenorhabditis elegans für die Regulation von grundlegenden rhythmischen Verhaltensweisen verantwortlich sein.