mir-58 Cluster

Der mir-58 Cluster besteht aus den beiden Familien mir-58 und mir-270. Die letztere ist als 'nonfamilied' gekennzeichnet, d.h. sie ist in noch keinen anderen Organismen gefunden worden. Die bereits annotierten Sequenzen wurden jeweils an ihrer assemblierten Position wiedergefunden. Des Weiteren ist es nicht gelungen die mir-270 in einem anderen Organismus als in C.elegans zu lokalisieren.

Das Sequenzfile mit genomischen Positionen sowie der Baum ist hier verfügbar:
Fasta des Clusters | Baum des Clusters

Abbildung: Aufbau des mir-58 Clusters
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Eine Rekonstruktion der evolutionsspezifischen Geschichte ist nun relativ trivial, da die mir-58 nur in Vertretern der Gattung Ceanorhabditis vorkommen, d.h. sie sind wahrscheinlich nach der Abspaltung der Strongyloidea entstanden. Des Weiteren scheint es so, als sei die Entwicklung der mir-270 ein rein C.elegans spezifischer Vorgang gewesen, denn beim blast gegen die weiteren Genome dieser Gattung, entstand bezüglich der mir-270 kein weiterer Hit. Um den gesamten Clusteraufbau genauer abzuklären müsste man die Sequenzen noch gegen verschiedene andere Nematodengenome im Trace Archive blasten.
Jedoch ist die Wahrscheinlichkeit, dass es sich um hochspezifische microRNAs handelt hoch, sodass man davon ausgehen kann dass diese Familie Ceanorhabditis-spezifische Entwicklungsprozesse steuert. Allerdings wurde in der Tarbase und Wormbase kein Hinweis auf eine bisher bekannte Aufagbe gefunden.