mir-3 Cluster

Übersicht über das Cluster

Das mir-3 Cluster besteht aus 5 Familien mir-3, mir-4, mir-5, mir-6 und mir-286. Das Cluster wurde in Drosophila einmal und in Anopheles gambiae zweimal gefunden. Während in Drosophila alle Familien des Clusters vorhanden sind, sind in Anopheles gambiae nur mir-3 und mir-286 vorhanden. Die Familie mir-6 gibt es in 3 Kopien, die auf dem Chromosom hinter einander liegen. Die Familie mir-3 ist in 2 Kopien vorhanden, jedoch hat Anopheles gambiae eine Kopie verloren.
Die Alignments und Sequenzdatei sowie Genompositionen und Bäume sind hier verfügbar:

Fasta von mir-3 | Alignment von mir-3 | Baum von mir-3

Fasta von mir-4 | Alignment von mir-4 | Baum von mir-4

Fasta von mir-5 | Alignment von mir-5 | Baum von mir-5

Fasta von mir-6 | Alignment von mir-6 | Baum von mir-6

Fasta von mir-286 | Alignment von mir-286 | Baum von mir-286

Genompositionen | Namensmapping zur MiRBase

Evolutionäre Geschichte

Abbildung: Übersicht über die vermutliche evolutionäre Entwicklung des mir-3 Clusters
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In den Arrthropoden war zunächst ein Cluster vorhanden, welcher wahrscheinlich aus einer mir-286a und einer mir-309(mir-3 Familie) bestand. Dieser Cluster duplizierte sich in Anopheles gambiae, sodass dort nun ein Typ I Cluster und ein Typ II Cluster auf 2 unterschiedlichen Chromosomen zu finden sind. In Drosophila kam es zu einer inversen Duplikation. Der Cluster besteht nach dieser aus mir-286a, mir-309, mir-3 und mir-286b in dieser Reihenfolge. Danach entstanden mir-4, mir-5 und mir-6a. Danach duplizierte sich die mir-6a zur mir-6b und schließlich diemir-6b zur mir-6c.

Abbildung: Konservierung des mir-3 Clusters in Drosophila melanogaster
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